DiscoveryStudioVisualizer简易学习教程.docx

Discovery Studio Visualizer 精简教程 哈尔滨医科大学 解鸿波 PDB: 3K9F 工具栏 工具导航栏 主窗口 Ctrl+H Ctrl+T 氨基酸残基 氨基酸相应性质 Ctrl+D 编辑原子 线型显示 必须先 棍型显示 选择原 子 球棍显示 编辑蛋白 线型显示 棍型显示 必须先 选择原 线型条带 子 条带 改变背景颜色 View Toolbars View View Toolbars Sketching 区旋平放 画分子工具 域 转 移 大 （不推荐使用） 选 择  缩 小 按字母顺序排列 不同部分 字母重新循环  代表晶格 蛋白（或 DNA 等大分子） 配体分子 其他分子 例如水等  PDB 编号 侧链编号 点加号 + 查看侧链 所含有氨 基酸残基 去除对勾 表示隐藏  点加号 + 查看氨基酸所 含有原子 氨基酸及编号 仅显示配体 分子，并双击选中，分子显示为黄色。  显示配体和周围形成的氢键作用 Structure Monitor HBonds 显示和配体可以形成氢键的氨基酸序号及相应原子 将氨基酸以棍状形态显示， Stick size 调整为 0.10 和配体以示区别，并 默认氢键为 绿色 不显示其带状二级结构 选中分子，查看其他相互作用 Tools Analyze Complexes Show 2D Diagram 选中分子，给分子增加表面 Structure Surface Add Structure Monitor Distance 选中两个原子，测距离 单位为（ ? ） Structure Monitor Torsion 选中两根化学键，测角度 查看蛋白序列 查看蛋白拉氏图 Chart Ramachandran Plot 原子 右 Attributes of ? 看原子坐 Build and Edit Nucleic Acid 工具 Build and Edit Protein 工具 （不是 蛋白三维结构，需要做从头预测） Create Pharmacophore Manully 工具 （根据已知分子构建药效团，但不实用） 写字板打开 *.pdb 文 件查看信息，内附 原子坐标，原子类 型及氨基酸序号等 信息。 HIV-1 蛋白酶 No.1 PDB code: 3OXC 沙奎那韦（ Saquinavir ） p38 MAP 激酶 PDB code: 3GCS No.2 索拉菲尼（ Sorafenib ） HMG-CoA 还原酶 PDB code: 1HWI No.3 氟伐他汀（ Fluvastatin ） 神经氨酸酶 No.4 PDB code: 4KS1 达菲（ Tamiflu ） 青霉素结合蛋白 No.5 PDB Code: 3ITA 氨苄西林（ Ampicillin ）