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Skyline 处理已有定量实验数据
本教程介绍了如何处理不是基于 Skyline 创建的离子对列表进行的选择反应监测实验(简称
SRM;亦称为多重反应监测,简称 MRM )数据。本教程还介绍了如何使用 Skyline 处理加入了同
位素标记内标肽段的定量实验数据。
本教程将处理工具 MRMer 1 发表时采用的数据,还将处理由 Addona 及其合作者 2 开展的跨实
验室研究(以下简称 “study 7”)所获取的数据。 Study 7 是美国国家癌症研究所 (NCI) 支持的癌症临
床蛋白质组学技术评估 (CPTAC)的一部分。在 Study 7 计划中, CPTAC验证工作组优先采用 Skyline
作为实验室间大规模研究的工具。因此,研究计划累积的数据为 Skyline 提供了完善的测试,确保
Skyline 能支持验证工作组正在进行的实验类型。
即使缺少非 Skyline 创建的离子对列表,您仍然可以了解 Skyline 处理同位素标记肽段作为内标
的 LC-MRM 实验的数据的特点。特别是,如果您想以极高的可信度鉴定肽段的色谱峰,并匹配参
照肽段, Skyline 提供了良好的支持,能够帮助您实现这些目标。
入门指南
如要开始本教程,请下载下面的 ZIP文件:
/tutorials/ExistingQuant.zip
将其中的文件解压到您的电脑上合适的文件夹中,如: C:\Users\brendanx\Documents
该操作将创建一个新文件夹: C:\Users\brendanx\Documents\ExistingQuant
现在启动 Skyline,将自动创建一个新的空白文档。
导入现有离子对列表之前,您应当尽可能多地向 Skyline 提供关于离子对列表设计和数据采集实验
方面的背景信息。要做到这一点,您可以在导入离子对列表之前,尝试调整文档的设定值。
准备接受离子对列表的文档
本教程开始时,首先要看看名为 MRMer 1 (其发音如英文单词的 “murmur”)的 MRM 分析软件工具
提供的数据集。在查看和积分整合 MRM 色谱图方面, MRMer 是 Skyline 的前身。 MRMer 发表时
采用的数据集产生于 2008 年,可以从其官方网页 (/CPL/MRMer.html) 下
载。在 MRMer 数据集中,所有肽段均源自于酵母菌,并且对应有国家标准与技术研究所 (NIST)谱
图库中的 MS/MS 谱图。这就意味着可以通过谱图库和背景蛋白质组,非常容易地向 Skyline 提供
实验中所监测肽段的相关信息。 “靶向方法编辑 ”教程详细介绍了创建谱图库和背景蛋白质组文件
的方法。在本教程中,您将使用已经准备好的文件,这些文件已经被压缩至完成本教程所需的最
小信息量,以便下载的 ZIP文件大小能控制在合理范围之内。
1
设置 MRMer 文档的谱图库请按以下步骤操作:
在 “设置 ”菜单上,单击 “肽段设置 ”。
单击 库“ ”标签。
单击 编辑列表“ ”按钮。
单击 编辑库“ ”表单中的 “添加 ”按钮。
在 “编辑库 ”表单的 “名称 ”字段内输入 “Yeast_mini。”
单击 浏览“ ”按钮。
导航至先前创建的 ExistingQuant 文件夹下的 MRMer 子文件夹。
选择仅包含本研究中使用的酵母肽谱图的 “Yeast_MRMer_mini.blib 文件。”
单击 打开
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