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RaxML构建多基因系统发育树教程.pdf

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    Raxml 软件构建单基因系统发育树教程 小飞鱼为大家演示如何基于RaxML 构建系统发育树 前言：以真菌 ITS 序列为例。大家应该都知道基因库中多数 ITS 序列一般 都包含了 ITS 两端的外围序列，即ITS1 前端的部分 18S 序列和 ITS2 后端 的部分28S 序列。而在建树的过程中我们通常是采用 ITS1+5.8S+ITS2 进行 建树。如果我们直接采用下载的序列进行 alignment ，而不进行两端剪齐（切 去 ITS1 前端的部分 18S 序列和 ITS2 后端的部分 28S 序列）的话，那么我 们构建出的基因树虽然

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