生物学常用软件简介.ppt

2021/3/23 * 4.Snp分析 全称Single Nucleotide Polymorphisms,是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括置换、颠换、缺失和插入。 SNP成为第三代遗传标志,人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关 2021/3/23 * (1)Polyphred Polyphred是一个基于测序峰图预测SNP的一套软件,它可以考虑到双峰的情况,对杂合子的预测有一定的优越性。它的准确性和测序的质量有关,测序质量高,准确性也就高。 2021/3/23 * 2021/3/23 * (2)SNPdector 是一个基于PCR重测序检测SNP的软件包,这个软件可以检测多种序列突变,特别是对于杂合子的检验。 2021/3/23 * 2021/3/23 * 5.进化分析 生物进化过程中生物大分子的演变,包括前生命物质的演变;蛋白质分子和核酸分子的演变以及细胞器和遗传机构（例如遗传密码）的演变。分子进化的研究可以为生物进化过程提供佐证,为深入研究进化机制提供重要依据。  2021/3/23 * (1)Phylip 是一套免费的系统发育推断软件包。 里面包含了许多的子程序 它主要可用来构建系统进化树 2021/3/23 * 2021/3/23 * (2)Paml 是基于最大似然估计的对蛋白质和核酸序列进行系统发育分析的软件。可以实现系统发育树的构建、祖先序列估计、进化模拟和KaKs计算等。 2021/3/23 * 2021/3/23 * (3)KaKs_calculator 是用于计算非同义替换率和同义替换率的软件程序包。采用模型选择和模型平均策略,集成了几个用于计算Ka和Ks的算法。 2021/3/23 * (4)FGF(fishing gene family) 由北京华大基因研究中心开发的一套用来在特定的基因组里查询蛋白质并构建该家族分子进化树的软件系统,可以用来分析基因的结构、拷贝数和进化关系等。 2021/3/23 * 2021/3/23 * （5）Mega Mega是一款在windows平台下运行的分子进化和遗传学分析的软件。它由于界面友好,使用其来较为方便,所以,得到了许多研究人员的喜爱。 2021/3/23 * 2021/3/23 * 6.基因表达分析 （1）EST表达序列分析 EST指的是从一个随机选择的cDNA克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA部分序列,代表一个完整基因的一小部份,在数据库中的长度20~700bp不等。 2021/3/23 * 2021/3/23 * EST预处理时用到的软件 Basecalling Phred Phd2fasta Cross_match Chimeric Blast Repeatemasker 等 2021/3/23 * (2)生物芯片分析 生物芯片分析的软件虽然很多,但是目前从反应样品制备到芯片制作,芯片检测,数据分析等一体化的软件还较少。 主要有以下几种软件。 2021/3/23 * I 基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品,该公司的gelpro, imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者,相信arraypro也不会差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-express 挪威Bergen大学编写,是一个用JAVA语言写的应用程序,界面清晰漂亮,用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据,需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后,才能运行。  2021/3/23 * II 基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件,进行微矩阵荧光图像分析,包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式,可很容易地转化为任何数据库。 2021/3/23 * III 基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写,微矩阵显著性分析软件,EXCEL软件的插件,由Stanford大学编制。 2021/3/23 * IV 基因芯片聚类图形