2 r语言绘图01散点图散点图.pdf

R基础——绘图 基迪奥 生信培训班 1 目录 1）散点图 2）频率直方图 3）盒形图 4）PCA 5）聚类图 6）热图 2 小目录 • 散点图的 与应用 • 散点图的绘制（R代码） 3 散点图 • 散点图是典型的二维图 • 简单但应用最广泛 • 合理使用，可以良好呈现数据的规律 • 通过添加颜色或辅助线，可以突出某些结 论； 常用的美化画法 1）给图片的不同区域上不同颜色（不同点或不同区域使 用不同的颜色）； 2）给图片加辅助线； 4 散点图常见范例 两组样本重复性 整合不同类型的数据：火山图 不同样本的比较，配合相关 系数，用于展示两个样本的 差异表达的两个参数：差异倍数 重复性 和FDR，同时展示； 5 散点图常见范例 不同组学数据的比较 （转录组 不同处理的数据的比较 —蛋白关联） 不同处理组导致的基因差异 不同组学的定量结果是否一致， 变化是如何分布的，是否有 是否有相关性 规律。 6 散点图常见范例 例如重测序中常见的曼哈顿图，也是散点图的一种变形。 注：在重测序的系列课程中讲解各类曼哈顿图的详细画法。 7 散点图的变形——气泡图 • 二维散点图可以呈现两类信息，当如果数 据的维度有三维甚至更高呢？ 3D 图形虽然好看，但不直 观。因为三维图形不易于进 行比较。 8 散点图的变形——气泡图 气泡图是呈现 数据的良好方法。 常用的可以用于呈现 的数据。 如左图， 数据包括： ➢ 富集因子（X轴） ➢ 通路类型（Y