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DGE生物信息分析结题报告 库测序流程 1. Total RNA样品检测 2. 文库构建 3. 库检 4. 上机测序 二、生物信息分析流程 三、项目结果说明 1. 原始序列数据 2. 测序数据质量评估 3. 序列比对分析 4. 基因表达水平分析 5. RNA-seq整体质量评估 6. 基因差异表达分析 7. 差异基因GO富集分析 8. 差异基因KEGG富集分析 9. 差异基因蛋白互作网络分析 四、 文献 五、附录 1. 文件目录列表 2. 列表 3. Methods英文版 4. 结题报告PDF版 file:///C:/Documents and Settings/Administrator/桌面/8月DGE结题报告模板/DGEReport.html#Me… 1/35 诺禾致源生物信息科技 库测序流程 从RNA样品到最终数据获得，样品检测、建库、测序每一个环节都会对数据质量和数量产生 影响，而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。因此，获得高质量数据是保证生物信息分 析正确、全面、可信的前提。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性，诺禾致源对样品检 测、建库、测序每一个生产步骤都严格把控，从根本上确保了高质量数据的产出。流程图如下： file:///C:/Documents and Settings/Administrator/桌面/8月DGE结题报告模板/DGEReport.html#Me… 2/35 诺禾致源生物信息科技 1 Total RNA样品检测 诺禾致源对RNA样品的检测主要包括4种方法： (1) 琼脂糖凝胶电泳分析RNA降解程度以及是否有污染 (2) Nanodrop检测RNA的纯度（OD260/280比值） (3) Qubit对RNA浓度进行精确定量 (4) Agilent 2100精确检测RNA的完整性 2 文库构建 样品检测合格后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则通过试 剂盒去除rRNA来富集mRNA）。随后加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模 板，用六碱基随机引物（random hexamers） 一链cDNA，然后加入缓冲液、dNTPs和DNA polymerase I 二链cDNA，随后利用AMPure XP beads纯化双链cDNA。纯化的双链cDNA再进行 末端修复、加A尾并连接测序接头，然后用AMPure XP beads进行片段大小选择，最后进行PCR富 集得到最终的cDNA文库。构建原理图如下： 3 库检 file:///C:/Documents and Settings/Administrator/桌面/8月DGE结题报告模板/DGEReport.html#Me… 3/35 文库构建完成后，先使用Qubit2.0进行初步定量，稀释文库至1ng/ul，随后使用Agilent 2100对文库的insert size进行检测，insert size符合 后，使用Q-PCR方法对文库的有效浓 度进行准确定量（文库有效浓度 ＞2nM），以保证文库质量。 4 上机测序 库检合格后，把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求pooling后