一种精确定量肿瘤标准品中突变支持reads数的方法及其应用发明专利.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 110111839 A (43)申请公布日 2019.08.09 (21)申请号 201810101797.2 G16B 30/00(2019.01) (22)申请日 2018.02.01 (71)申请人 深圳华大基因股份有限公司 地址 518083 广东省深圳市盐田区洪安三 街21号华大综合园7栋7层-14层 申请人 深圳华大临床检验中心　 广州华大基因医学检验所有限公司　 天津华大医学检验所有限公司 (72)发明人 刘继龙　刘足　叶明芝　谭美华　 程少敏　茅矛　 (74)专利代理机构 北京纪凯知识产权代理有限 公司 11245 代理人 关畅 (51)Int.Cl. G16B 20/20(2019.01) 权利要求书1页 说明书8页 附图2页 (54)发明名称 一种精确定量肿瘤标准品中突变支持reads 数的方法及其应用 (57)摘要 本发明公开了一种精确定量肿瘤标准品中 突变支持reads数的方法。该方法包括如下步骤： 根据肿瘤标准品的突变信息，组装参考序列；采 用比对软件对参考序列依次进行建索引、比对、 过滤、排序和去重，得到目标reads；将目标reads 和参考序列进行比对，比对上的即为突变支持 reads；统计突变支持reads数。实验证明，采用本 发明提供的方法以评估捕获探针对突变支持 reads的捕获能力，可与变异检测软件识别的突 变支持reads数作对比，从而评估变异检测软件 的性能。本发明具有重大的应用价值。 A 9 3 8 1 1 1 0 1 1 N C CN 110111839 A 权　利　要　求　书 1/1页 1.一种精确定量肿瘤标准品中突变支持reads数的方法，包括如下步骤： (1)根据肿瘤标准品的突变信息，组装参考序列； (2)完成步骤(1)后，采用比对软件对所述参考序列依次进行建索引、比对、过滤、排序 和去重，得到目标reads； (3)完成步骤(2)后，将所述目标reads和所述参考序列进行比对，比对上的即为突变支 持reads；统计突变支持reads数。 2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤(1)中，所述肿瘤标准品为a1)或a2) 或a3)或a4)：a1)带有ALK_EML4融合突变的肿瘤标准品；a2)不同混合频率的融合细胞系标 准品；a3)H2228融合细胞系；a4)不同混合频率的EGFR EX19INDEL的肿瘤标准品。 3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述步骤(1)中，所述组装参考序列为组 装Fusion突变类型的参考序列和/或组装SNV突变类型的参考序列和/或组装INDEL突变类 型的参考序列。 4.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤(2)中，所述比对为将原始下机数据 或与人类参考基因组进行过一次比对的reads和所述参考序列进行比对，得到精确的比对 reads。 5.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤(2)中，所述过滤为从所述精确的比 对reads中过滤掉未比对上或比对质量值小于30的reads。 6.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤(2)中，所述排序为将经过过滤的 reads根据染色体编号和所在染色体上的位置进行排序。 7.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤(2