确定生物样本中是否存在融合基因的方法、设备及应用发明专利.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 110660451 A (43)申请公布日 2020.01.07 (21)申请号 201810607450.5 (22)申请日 2018.06.13 (71)申请人 广州华大基因医学检验所有限公司 地址 510006 广东省广州市番禹区青蓝街 22号B区401室 申请人 深圳华大临床检验中心　 深圳华大基因股份有限公司 (72)发明人 刘继龙　刘足　谭美华　叶明芝　 茅矛　 (74)专利代理机构 北京清亦华知识产权代理事 务所(普通合伙) 11201 代理人 赵天月 (51)Int.Cl. G16B 30/00(2019.01) 权利要求书2页 说明书10页 附图1页 (54)发明名称 确定生物样本中是否存在融合基因的方法、 设备及应用 (57)摘要 本发明涉及基因检测领域，具体涉及一种确 定生物样本中是否存在融合基因的方法及系统 和应用。确定生物样本中是否存在融合基因的方 法，包括：将来源于所述生物样本的全基因组至 少一部分的测序序列与所述生物样本的参照序 列分别进行第一比对处理和第二比对处理，其中 在所述第一比对处理中，使所述测序序列与所述 参照序列强制左端匹配，在所述第二比对处理 中，使所述测序序列与所述参照序列强制右端匹 配；基于所述第一比对处理和所述第二比对处理 的结果，确定生物样本中是否存在融合基因。并 A 提供了相应的设备和计算机可读存储介质。本发 1 明方法对于融合支持序列的识别能力更强，且可 5 4 0 排除单端信号引入的错误信息，判定结果更加准 6 6 0 确，检测限更低。 1 1 N C CN 110660451 A 权　利　要　求　书 1/2页 1.一种确定生物样本中是否存在融合基因的方法，其特征在于，包括： (1)将来源于所述生物样本的全基因组至少一部分的测序序列与所述生物样本的参照 序列分别进行第一比对处理和第二比对处理，其中在所述第一比对处理中，使所述测序序 列与所述参照序列强制左端匹配，在所述第二比对处理中，使所述测序序列与所述参照序 列强制右端匹配； (2)基于所述第一比对处理和所述第二比对处理的结果，确定生物样本中是否存在融 合基因。 2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测序序列为DNA序列； 任选地，所述第一比对处理和所述第二比对处理分别独立地采用tmap软件进行的。 3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，在步骤(2)中，进一步包括： 基于所述第一比对处理和所述第二比对处理的结果，确定疑似融合基因测序序列，所 述疑似融合基因测序序列在所述第一比对处理和所述第二比对处理中均具有匹配末端和 非匹配末端，其中，所述疑似融合基因测序序列的存在是在所述生物样本中存在融合基因 的指示； 任选地，所述非匹配末端的长度为20bp以上，优选为20bp～60bp。 4.根据权利要求1～3中任一项所述的方法，进一步包括通过下列步骤确定阳性融合位 点： (3)基于所述融合基因测序序列在所述参照序列上的匹配结果，确定至少一个疑似融 合位点； (4)针对所述至少一个疑似融合位点的每一个，分别确定所述疑似融合位点的融合基 因测序序列支持数； (5)选择所述融合基因测序序列支持数不低于预定阈值的所述疑似融合位点作为最终 的阳性融合位点； 任选地，在步骤(3)中包括针对每个所述融合基因测序序列，基于所述匹配末端和所述