beast系列软件使用软件.pdfVIP

文档来源为 :从网络收集整理.word版本可编辑.欢迎下载支持. 个人初步总结 个人详细使用： BEAUti 1、File-—Import Data—打开NEXUS(beauti 软件的 NEXUS 文件与 PAUP 软件的有不同) 文件打开后显示为 2、选择Taxon Sets通过建立一套定义子集分类，这个窗口允许你建立分类单元内的子集序列 数据。这也允许你去记录每个分类tMRCA 子集最近的共同祖先,设置分布在相应分歧时间的 分歧倍。最后tMRCAs 在日志文件中应按单位相同规定你的DNA 序列。这些分类单元可以代 表不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者在一个物种。值得注意的是,建立一个分类 单元不保证该子集集团将能够对其它属种单源推理分析。 单击“+”在左下角，创建几个分类群，重命名他们。在另一个中你可以看到一些有用的分 类群，选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮，确使在MCMC 分析的时候保持单源。 最后可以得到类似： 3、选择 substitution model 这里主要是模型的选择 substitution model 中主要为三个模型HKY GTR TN93 根据模型构建来选择 Base frequencies 中 Estimated/Emirical/All equal 三种 估计，经验，设备 可根据不同的获得方式来选择。 Site Heterogeneity Model中None/Gamma/Invariant sites/Gamma+ Invariant sites,None(假定物种的进化保持相同的速率) Gamma （物种的进化不是相同的速 率）Invariant sites （数据中的某些位点从未经受任何进化上的改变，其进化 速率是相同的） Partition into codon positions 中 off/2 partitions:positions(1+2),3/3 partitions:positions1,2,3 off ：分析不能转录成RNA 的 DNA 2 partitions:positions(1+2),3:1,2 段转录比较慢，3 段转录比较快 3 partitions:positions1,2,3 ：3 段都有自己的转录翻译速度 有些（name 下有两个以上）这时需要选择 Data Partitions 的 Unlink Subst Models” 4、选择 clock model 选择 the relaxed molecular clock models数据来自一个潜在的指数函数或对数正态分布。很多 数据都是用到 the relaxed molecular clock models 选择合适的分子钟模型来估计速率的变化。 5、tress Tree priors：我们比较多的希望使用Yule模型，这是一个简单的模型通常是更适用于考虑序 列不同的种类。 6、Priors 在有数据的情况下，改变设置 trmc （）的Priors，其他的参数设置大概估计不 出现红色即可。 7、MCMC Length of chain：取决于数据大小和质量，系统默认为10，000，000 Echo state to screen every和 log parameters every：多少的马尔科夫链的参数显示在屏幕上和 记录在日志文件中。前一个系统默认为 10，000 这个数值不要低于 10,000，不然会有一大 堆没用的数据出现在屏幕上，拖累了速度 8 输出创建 XML 文件 1文档收集于互联网，如有不妥请联系删除. 文档来源为 :从网络收集整理.word版本可编辑.欢迎下载支持. Running BEAST Run BEAST 加入文件为新建好的 XML 文件 Run 完以后出现两个文件 Analyzing the results使用 Tracer软件 打开 查看结果 Select meanRate 去查看 95%HPD TreeAnnotator Obtaining an estimate of the phylogenetic tree 输出 XX_MCC.tree Burnin数据得到为前面 BEAUti 软件中 a chain length/sampling(800,000/200) 400 的 1% 为 40 Posterior probability