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第四章 生物信息的传递(下)――从mRNA到蛋白质;蛋白质的生物合成步骤;核糖体是蛋白质合成的场所。
mRNA是蛋白质合成的模板。
转移RNA(transfer RNA,tRNA)是模板与氨基酸之间的接合体。
在合成的各个阶段有许多蛋白质、酶和其他生物大分子参与。参与蛋白质合成的各种组分约占细胞干重的35%。在真核生物中有将近300种生物大分子与蛋白质的生物合成有关。
蛋白质合成是一个需能反应,要有各种高能化合物的参与。细胞用来进行合成代谢的总能量的90%消耗在蛋白质合成过程中。;在真核生物细胞核内合成的mRNA,要运送到细胞质,才能翻译生成蛋白质。
所谓翻译是指将mRNA链上的核苷酸从一个特定的起始位点开始,按每3个核苷酸代表一个氨基酸的原则,依次合成一条多肽链的过程。
蛋白质合成速度很高。大肠杆菌只需要5s就能合成一条由100个氨基酸组成的多肽。;4.1 遗传密码――三联子;;4·1·1 三联子密码及其破译;在模板mRNA中插入或删除一个碱基,会改变该密码子以后全部氨基酸序列。
若同时对模板进行插入和删除试验,插入和删除的碱基数一样,后续密码子序列就不会变化,翻译得到的蛋白质序列就保持不变(除了发生突变的那个密码子所代表的氨基酸之外)。
如果同时删去3个核苷酸,翻译产生少一个氨基酸的蛋白质,序列不发生变化。;;对烟草坏死卫星病毒的研究发现。其外壳蛋白亚基由400个氨基酸组成,而相应的RNA片段长约1200个核苷酸,与假设的密码三联子体系正好相吻合。
在20世纪60年代,由于体外蛋白质合成体系的建立和核酸人工合成技术的发展,科学家花了几年时间破译了遗传密码,即确定了代表每种氨基酸的具体密码。;4·1·2 遗传密码的性质;;;密码子有61种而氨基酸只有20种。所以除色氨酸和甲硫氨酸只有一个密码子外,其他氨基酸都有一个以上的密码子。
由一种以上密码子编码同一个氨基酸的现象称为简并(degeneracy),对应于同一种氨基酸的几个密码子称为同义密码子。
AUG和GUG既是met和val的密码子又是起始密码子。;;同义密码子第一、二第位核苷酸往往是相同的,而第三位核苷酸的改变不一定影响所编码的氨基酸。
一般说来,编码某一氨基酸的密码子??多,该氨基酸在蛋白质中出现的频率也越高。精氨酸是个例外,因为在真核生物中CG双联子出现的频率较低,所以尽管有6个同义密码子,蛋白质中精氨酸的出现频率仍然不高。
对同意密码的理解有助于PCR引物设计。;4.1.2.2 密码的普遍性与特殊性;;4·1·2·3 密码子与反密码子的相互作用; ;在密码子与反密码子的配对中,前两对严格遵守碱基配对原则,第三对碱基有一定的自由度,可以摆动,因而使某些tRNA可以识别1个以上的密码子。一个tRNA究竟能识别多少个密码子是由反密码子的第一位碱基的性质决定的,反密码子第一位为A或C时只能识别1种密码子,为G或U时可以识别2种密码子,为I时可识别3种密码子。;;如果有几个密码子同时编码一个氨基酸,凡是第一、二位碱基不同的密码子都对应于各自独立的tRNA。第一、二位碱基相同的密码子,则共用一种tRNA。
原核生物中有30~45种tRNA。
真核细胞中存在50种左右tRNA。;4·2 tRNA;受体臂:链两端碱基序列互补形成的杆状结构;3’端有未配对的3~4个碱基;3’端的CCA,最后一个碱基2烃基可被氨酰化。
TψC臂:其中ψ表示拟尿嘧啶,是tRNA分子所拥有的不常见核苷酸。
反密码子臂:位于套索中央有三联反密码子。
D臂:含有二氢尿嘧啶。
;;最常见tRNA有76个碱基。所有tRNA含74~95个核苷酸。tRNA长度的不同主要是由其中的两条手臂引起。在D臂中存在多至3个可变核苷酸位点。
tRNA分子中最大的变化发生多余臂上。只含有一条仅为3~5个核苷酸的多余臂的tRNA占所有tRNA的75%; 其余是有较大多余臂的tRNA ,包括杆状结构上的5个核苷酸和套索结构上的3~11个核苷酸。; tRNA富含稀有碱基(约70余种)。每个tRNA分子至少含有2个稀有碱基,最多有19个,在反密码子3端邻近部位出现的频率最高,这对于维持反密码子环的稳定性及密码子、反密码子之间的配对是很重要的。
当tRNA与核糖体的P位点和A位点结合时,tRNA分子三叶草形顶端突起部位通过反密码子和密码子的配对与mRNA相结合,其3’末端恰好将所运转的氨基酸送到正在延伸的多肽上。;4.2.1 tRNA的L形三级结构;受体臂和TψC臂的杆状区域构成了第一个双螺旋,D臂和反密码子臂的杆状区域形成了第二个双螺旋。TψC臂和D臂的套索状结构位于L的转折点。所以,受体臂顶端的碱基位于L的一个端点,反密码子臂的套索状结构生成了L的另一个端点。
;; tRNA高级结构上的特点是研究其生物学功能的
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