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如果连这些图都不会，还怎么让文章有逼格？！ 今天还是讲 Cytoscape，虽然已经写了很多相关的文章， 但是依然有童鞋在问哪里可以下载 Cytoscape 这样没有营养 的问题，这让本宫无比无比的痛心！ ！！所以今天本宫会很详 细、非常详细、巨详细、史无前例地详细、前无古人，后无 来者地详细讲解如何使用 Cytoscape。 Cytoscape 是用于可视化网络数据的一个非常强大的工具， 比 如说表现一组基因间的相互关系，文本形式和网络图形式， 在数据的表现力上孰优孰劣一目了然。 点 （node）和线 （edge） 是网络图的两个核心要素。我们做各种各样的网络图，归根 结底是对图中的点和线进行注释，我们通过改变点和线的样 式来对点和线赋予各种各样的信息，从而实现数据的可视 化。 很多童鞋可能在下载这一步就放弃了，因为下载速度可能会 很慢， 200M 的宽带可能只有 2kb 的下载速度。本宫送佛送 到西，翻过去给你们把火种带回来（见文末网盘链接） 。 安装的时候先安装 java ，安装好了之后需要设置环境变量 在环境变量中， 要修改两个地方， 一个是添加 JAVA_HOME 。 选择“新建” ，变量名填上 JAVA_HOME ，变量值填上 C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_151 ，在 java 的安装过程中，默认一直下 一步安装，所以装在 C 盘，如果你在安装过程中改了，那可 能是 D 盘或者 E 盘，那么变量值要做相应的更改。 还要修改一个地方，就是 Path，添加 JAVA 的变量值到 Path 中，选择 Path，然后点“编辑” ，在最后面添加如下语 句 ;%JAVA_HOME%\bin; 打开命令提示符 cmd ，输入 java -version ，如果能正常显示， 那表明装好了，你就可以装 Cytoscape 了虽然网盘里的是最 新版本 3.60，但是不知道重新安装需不需要重新下载插件什 么的，时间所迫，今天给大家所做的演示都是基于 3.42 版本， 如果大家在使用过程中发现什么差别，请在文末留言。 欢迎页面 先来看一下 Cytoscape 的欢迎页面，最主要的功能就是数据 导入了，在这里我们可以导入本地文件建立网络，也可以从 数据库获取数据建立网络。本地文件的基本格式大家上面已 经看到了，就是两列节点信息，处于同一行的两个节点之间 存在连线。所以这个表里基本的点和线的信息都已经有了。 再来看一下从数据库导入数据，输入感兴趣的基因名称，然 后选择相应的数据库，导出数据。 从下面这么多个数据库中得到了 N 个网络 每个网络都进行了可视化展示（下图展示了其中之一） 基本功能介绍下面这张图是 Cytoscape 的整体布局（名称都 是本宫随便起的，方便下面详细介绍）工具栏 View 如果你的哪个操作模块不见，可以在 View 这栏里找找看， 其它的功能没啥， Zoom In 这种功能，本宫相信你的鼠标是 带滚轮的 Select Select 用的还是蛮多的，比如我们要选中与某一个节点相邻 的所有节点。下图中演示了选中 Ty