用aspera工具快速下载NCBI大数据.pdf

NCBIaspera 下载命令： /root/.aspera/connect/bin/ascp -QT -l 300m -k1 -i /root/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@:/blast/db/FASTA/nr.gz . SRA 下载方式： 1、通过sratoolkit，可以直接下载成fastq 格式，速度比ftp 快，比aspera 慢。 /data/soft/sratoolkit.2.3.5-2-centos_linux64/bin/fastq-dump. SRR167669 2、ftp 下载 3、通过aspera 下载： 网页下载：速度很快，不过需要把数据再上传到服务器上，多费一道工序 下载网页版AsperaConnectML-7180.msi 安装，网页上下载时点aspera 下载链接就可以； linux 命令行下载：注意绝对路径 /root/.aspera/connect/bin/ascp -QT -l 300m -k1 -i /root/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@:/sra/sra-instant/reads//BySample/sra/SRS/SRS398/SRS398262/SR R768448/SRR768448.sra .(注意最后的“.”，一定要有，表明下载存放路径) (使用正确的秘钥应该是这个：asperaweb_id_dsa.openssh) 转成fatsq 格式： /data/soft/sratoolkit.2.3.5-2-centos_linux64/bin/fastq-dump. --split-files --split-3 /extend/pig_rnaseq_sra/SRR653843.sra -O ./fastq/ 安装aspera： 下载aspera-connect-2523-linux-64.sh 安装 首先，到aspera网站下载你的操作系统对应的asperaconnect。(如果选 Linux，下载以 后会是一个几 M大，内嵌二进制代码的shell脚本。。) 。不需要r t或者sud 权限，直接 安装之： $shaspera-connect-7118-linux-64.sh 安装好以后，会在 HOME目录下新建一个叫.aspera的目录，有两个文件比较重要: 一个是ascp的可执行文件: ~/.aspera/connect/bin/ascp 另一个ascp的密钥文件: ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty 建议将密钥备份到 HOME目录下方便使用: $cp~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty~/ 再把aspera-license复制到系统目录 ~/.aspera/connect/etc$sudocpaspera-license/usr/local/bin/ 再把ascp可执行文件的路径加入 PATH变量中，或者将其拷贝到当前目录。 使用 执行以下两条命令(注意最后要加点号“.”，表示当前目录) 从 EBI下载: $ascp-i~/asperaweb_id_dsa.putty era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff 从 NCBI下载: $ascp-i~/asperaweb_id_dsa.putty anonftp@:/sra/sra-instant/reads/ByRun/litesra/SRR/SRR09 6/SRR096072/SRR096072.lite.sra. 这个时候的速度相比于wget ，应该已经很快了，大约能达到9Mb/s以上，如果还嫌慢， 可以在-i 参数的前面添加几项设置，像这样: ascp-QT-l100M-i~/asperaweb_id_dsa.putty era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ