高分辨率溶解曲线HRMPPT课件.ppt

 SNP及突变研究的必威体育精装版工具高分辨率熔解曲线（High Resolution Melting）突变筛查和基因分型系统 ;;内容提示;High Resolution DNA Melting（HRM)是基于有序列变化的Amplicon之间微弱的Tm值差异，通过DNA片段熔解曲线的差异进行突变检测，比如：;PCR;Lightscanner高分辨溶解曲线结果;Saturating dye;内容提示;Mutation Scanning;M.H.Ye等对北京油鸡CAPN1基因外显子进行扫描，筛查其潜在SNPs。;Bernhard J. HoWnger · Hai-Chun Jing ·Kim E. Hammond-Kosack · Kostya Kanyuka (Barley Application) Theor Appl Genet (2009) 119:851–865 DOI 10.1007/s00122-009-1094-2 数据来自英国洛桑农业实验站;内容提示;Small Amplicon Genotyping 扩增小片段直接进行基因型鉴定;;;;;为何要使用温度内标;AT SNP without Calibration – 72bp;Apply Temperature Calibration;AT SNP with Calibration;Small Amplicon Genotyping ;内容提示;HRM – Lunaprobe genotyping;HRM – Lunaprobe genotyping;1 Probe – 1 SNP, All Possible SNPs;1 Probe – 1 SNP, All Possible SNPs;1 Probe, 2 SNPs, 1 Amplicon;2 Probes, 2 SNPs, 1 Amplicon- ApoE;2 Probes, 2 SNPs, 2 Amplicons - HFE;Amplicon Scanning – 发现新的突变;David De ，Yong Song at el.Application og high-resolution DNA melting for genotyping and variant scanning of diploid and autotetraploid potato Mol Breeding (2010) 25:67–90 ;内容提示;Rosario Muleo（2009）等用HRM方法对三个品种的SSR DCA4进行分析，DCA4的等位基因有131bp的重复序列，杂合等位基因的序列为131-133bp，分析结果如图8所示，HRM曲线可以将纯合样品和杂合样品明显的区分，其中一个等位基因只相差2bp。 三种颜色（浅灰，深灰、黑色）表明3种不同的品种。 ;内容提示;;内容提示;2005 LightScanner 96/384 96/384 孔板 ~8 分钟/板 ~2-6 秒/样品 温度均一性：? 0.15oC 数据采集速度：大于100pts/秒 升温速度： 0.1oC/秒 ;LightScanner高分辨溶解曲线应用;HRM分析流程;LightScanner适于SNP分析;谢谢！