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拉曼谱的第一性原理计算教程
李云廷
湘潭大学
QQ: 2296374746
1.资源下载网址
采用第一性原理计算拉曼谱共分为四个步骤:
(1)结构优化;
(2)声子谱计算;
(3)拉曼谱计算;
(4)数据处理。
需要的计算工具脚本及相关下载网址如下:
结构优化采用Vasp5.2.12 软件;
Phonopy 环境安装软件仅需Anaconda 安装包(Python2.6 版本),下载网址:
Anaconda: /download/#linux
Phonopy 软件包(Python2.6 版本)下载网址:
Phonopy: /project/phonopy/#files
Raman 计算程序介绍和下载网址:
vasp_raman.py: /raman-sc/VASP#global-variables
我采用的是分离计算模式,方法网址如下:
/raman-sc/VASP/tree/master/Cyclopentadiene
具体计算方法见如下网址:
/raman-sc/VASP#global-variables
2.计算步骤
这里我采用石墨烯进行计算。
2.1 结构优化
2.2 声子谱计算
将优化好的CONTCAR 拷贝到1_Phonon 文件夹中,命名为POSCAR-unitcell,
声子谱计算文件如下:
采用如下脚本进行声子谱计算,脚本run_phonon.sh 如下:
这里扩成 1X1X1(举例)的超胞,算完后,将 OUTCAR.phon,POSCAR.phon,
KPOINTS 和POTCAR 拷贝到2_Raman 文件夹中,2_Raman 文件夹内容如下:
2.3 拉曼谱计算
INCAR.raman 文件如下:
查看OUTCAR.phon 中计算的体系Gamma 点振动频率个数,比如石墨烯原胞
共有2 个原子,那么频率个数为23=6 个,3 个声学支和6-3=3 个光学支。采
用脚本raman.sh 和raman_sub.sh 运行计算。脚本raman.sh 内容如下:
脚本raman_sub.sh 内容如下:
执行如下命令在后台进行Raman 谱计算:
nohup sh raman_sub.sh
得到如下图所示的一系列文件:
算完后,运行sh raman_gather.sh 综合vasp_raman.dat 和OUTCAR.*数据:
文件夹Raman_Backup 中内容如下:
然后运行如下图所示命令得到拉曼数据和图(Raman.ps):
文件vasp_raman.dat-broaden.dat 即为拉曼谱数据,可用Origin 作图:
文件Raman.ps 为强度(Intensity)-频率(Frequency)图:
注释:
程序vasp_raman.py 所需的环境变量如下:
VASP_RAMAN_PARAMS=FIRST-MODE_LAST-MODE_NDERIV_STEPSIZE
其中
FIRST_MODE -- 整数, 所计算的极化率倒数的第一个模式;
LAST-MODE -- 整数, 所计算的极化率倒数的最后一个模式;
NDERIV -- 有限差分格式,目前只支持值2 ;
STEPSIZE – 浮点数,有限差分的步长,单位为埃。
例子:VASP_RAMAN_PARAMS=01_06_2_0.01
VASP_RAMAN_RUN 执行vasp 计算的参量,
例子:VASP_RAMAN_RUN=mpirun -np 32 vasp_vtst job.out
Modes[0]=’01_06’: 从第1 个模式到第6 个模式。
***声子谱和拉曼谱的 INCAR*文件中必须要有参数 NWRITE 3,拉曼谱计算才
能顺利进行。
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