[理学]序列分析工具使用简介.pptVIP

2021/6/30 2021/6/30 序列分析工具使用简介 黄远森 中山大学生命科学学院 2021/6/30 1.数据库有哪些信誉好的足球投注网站工具---Blast (basic local alignment search tools) 2.多序列比对工具---Clustal 3.进化树重建与分析工具---Phylip 2021/6/30 数据库有哪些信誉好的足球投注网站工具---Blast 1.Blast与NCBI 2.如何获得blast服务 3.Blast的各个程序介绍 4.一个简单的实例 2021/6/30 Blast与NCBI 返回 BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似的数据库有哪些信誉好的足球投注网站程序。 NCBI提供了在线的blast服务/blast/ 2021/6/30 获得blast服务 返回 1.使用NCBI提供的在线服务。/blast/ 优点：数据库更新快，使用方便，可随时查看有哪些信誉好的足球投注网站结果。 缺点：受限与网络和程序运行速度，只能有哪些信誉好的足球投注网站固定的数据库。 2,本地化的blast。 a.服务器版 /blast/ /blast/ b.单机版 (NCBI提供多种版本，包括DOS版本) 优点：即时返回结果，可以有哪些信誉好的足球投注网站特殊数据库。 缺点：数据库的更新问题，操作性问题。 2021/6/30 Blast的各个程序介绍 返回 2021/6/30 实例 假设我们获得一个人类的蛋白序列，但我们不知道它具体是哪一种东西，我们可以通过blast有哪些信誉好的足球投注网站，看看它可能是什么东西。 phenylalanine hydroxylase MSTAVLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCNQNGAISLIFSLKEEVGALAKVLRLFEENDVNLTHIESRPSRLKKDEYEFFTHLDKRSLPALTNIIKILRHDIGATVHELSRDKKKDTVPWFPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVEYMEEEKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEYNHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQTCTGFRLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCTQYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFSDRSFAQFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYWFTVEFGLCKQGDSIKAYGAGLLSSFGELQYCLSEKPKLLPLELEKTAIQNYTVTEFQPLYYVAESFNDAKEKVRNFAATIPRPFSVRYDPYTQRIEVLDNTQQLKILADSINSEIGILCSALQKIK 返回 2021/6/30 实例 返回 第一步： 登陆NCBI的Blast页面，选择blastp程序，将所要有哪些信誉好的足球投注网站的序列粘贴到查询窗口。 2021/6/30 实例 第二步： 设定好参数后点击blast，开始有哪些信誉好的足球投注网站。任务提交后，返回一个查询id。根据该id可以在任意时候查看查询结果。 返回 2021/6/30 实例 第三步： 返回查询结果。 返回 2021/6/30 实例 返回 2021/6/30 实例 返回 2021/6/30 多序列比对工具－clustal Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G. 等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，windows版本的clustalx等。 2021/6/30 Clustalx的工作界面（多序列比对模式） 2021/6/30 Clustalx的工作界面（剖面(profile)比对模式） 2021/6/30 Clustal的工作原理 Clustal输入多个序列 快速的序列两两比对，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵。 邻接法(NJ)构建一个树（引导树） 根据引导树，渐进比对多个序列。 2021/6/30 Clustal的应用 1.输入的文件格式。 FASTA ，NBRF/PIR, EMBL/Swiss Prot, GDE, CLUSTAL, GCG/ MSF. 2.两种工作模式。 a.多序列比对模式。 b.剖面(profile)比对模式。 3.一个实际的例子。 2021/6/30 多序列比对实例 输入文件的格式(fasta)： KCC2_YEAST NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN…… DMK_HUMAN DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK……. KPRO_MAIZE TRKFKVELGRGESGT