生物信息学new03序列相似性有哪些信誉好的足球投注网站.pptx

第三章 序列相似性有哪些信誉好的足球投注网站;1. 序列比较的任务： 发现序列之间的相似性 辨别序列之间的差异 2. 目的： 相似序列 ? 相似的结构，相似的功能 判别序列之间的同源性 推测序列之间的进化关系 ;相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较。;相似性和同源性关系;序列相似性比较和序列同源性分析;三、序列的BLAST分析;1. 相似序列有哪些信誉好的足球投注网站的一般步骤;BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) allows rapid sequence comparison of a query sequence against a database. BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI） 开发的一个基于序列相似性的数据库有哪些信誉好的足球投注网站程序。是一种基本局域联配搜寻工具。 The BLAST algorithm is fast, accurate, and web-accessible.;Website of BLAST (BLAST2.0) (WU-Blast2) (WU-Blast2);2.1 Blast的算法基础;Blast的算法流程; 要对两个序列进行排比，必须首先打出其相似性的定量分值,于是需要一个打分矩阵。 打分矩阵(Scoring Matrices): 给不同的氨基酸配对定义的一系列相似性分值。而一个突变打分方案(mutation data matrix)则是根据排比时序列中点突变的情况设计出的打分方案。对氨基酸配对相似性的尺度衡量，例如苯丙氨酸和异亮氨酸相似性的定量标准，可以以多种方式来定义。因此，设计一个打分矩阵，首先必须确定用什么算法模型。在序列排比分析中，打分矩阵只是某个算法模型的量化表现，排比的结果只在该算法模型所划定的范围内有意义。; 简单打分矩阵：单一打分矩阵和遗传密码打分矩阵。目前使用最简单的打分矩阵就是匹配打分矩阵(identity metric)。如果两个氨基酸相同，就打一个分值，不同就打另一个分值，不管替换的情况。例如，相同就打一分，不同就打0分，这就是最简单常用的单一打分矩阵。当然，也可以相同打+6分，不同打-1分。;A substitution matrix contains values proportional to the probability that amino acid i mutates into amino acid j for all pairs of amino acids. Substitution matrices are constructed by assembling a large and diverse sample of verified pairwise alignments (or multiple sequence alignments) of amino acids. Substitution matrices should reflect the true probabilities of mutations occurring through a period of evolution. The two major types of substitution matrices are PAM and BLOSUM.;2.2.1 PAM Dayhoff及其同事引入了一个概念“被接受的点突变”(accepted point mutation)来表示进化过程中被稳定到基因库(gene pool)中的突变。据此可以定义两个序列进化距离的尺度：PAM (Percent accepted mutation)突变接受率。一个PAM就是在比较的序列里每一百个氨基酸残基中有一个被接受的点突变。 Other PAM matrices are extrapolated from PAM1. For PAM250, 250 changes have occurred for two proteins over a length of 100 amino acids.; 为了找出序列中被接受的点突变，一个包括所有祖先序列的进化树必须先勾画出来。为了避免有太大的不确定值，Dayhoff及同事将他们的分析限制在有85%同一性的序