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FastTree可以基于核酸和蛋白序列建树,一次性可对数以百万条序列的文件进行处理,运行速度是PhyML3.0或RAxML7的100-1000倍。默认参数设置下精度优于PhyML3。下面小飞鱼将详细演示如何进行系统树构建和树形处理。
FastTree 构建系统发育树详细教程
小飞鱼
FastTree 可以基于核酸和蛋白序列建树,一次性可对数以百万条序列的文件进行处理,
运行速度是PhyML 3.0 或RAxML 7 的100-1000 倍。默认参数设置下精度优于PhyML 3。下面
小飞鱼将详细演示如何进行系统树构建和树形处理。
1. 下载FastTree,将其放在电脑D 盘,新建文件夹,命名为“FastTree”。
2.由于该软件读取的是经过 alignment 处理后的序列文件(fasta 格式或phylip 格式),所以
提前准备好建树所需的序列
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