山东大学《生物信息学》教学课件.pdf

《生物信息学》第一章：绪论 课程介绍 这一章将为你介绍这门课的主讲老师，介绍这门课的学习内容，介绍什么是生物信息学， 还有将和你一起学习这门课的小明同学。 首先介绍这门课的主讲老师，巩晶，来自山东大学基础医学院，座机：0531 手 机 ： 1870531**** （ 请 和 老 师 索 取 ）， 微 信 公 众 号 ： CRC_BIOINFO ， 工 作 邮 箱 ： gongjing@。巩晶老师从中国海洋大学拿到海洋生物学学士学位后，去了德国。先 学习了一年德语，之后在德国慕尼黑大学和慕尼黑工业大学联合创办的生物信息学专业取得 了本硕连读的硕士学位。之后又用了三年时间在慕尼黑大学取得了生物信息学博士学位。目 前的主要研究方向包括蛋白质三维结构的预测、分析及动力学模拟、虚拟筛选、生物数据库、 数据挖掘、以及系统发生学等。如要想要了解更多正在开展的研究项目，可以前往课题组网 站一探究竟：/bioinfo/。博士学习期间巩晶老师做过德国巴伐利亚 州超算中心的兼职科研助理，主要从事一个统计学语言程序包的平行计算开发。2010 年毕 业后进入山东大学基础医学院工作至今。截至目前以第一作者及通讯作者身份发表 SCI 论文 6 篇，累计影响因子 17，累计获得科研经费 68 万元。 自 2010 年，山东大学基础医学院正式开设生物信息学课程。首先开设的是研究生全英 文课程，截止目前已开设四届，选课学生以留学生为主。2013 年泰山学堂生命取向为大三 年级的同学开设了本课程以及配套的实验课程，共计 120 学时的必修课，已开设五届。同年 7 月本课程获得山东大学校级精品课程称号。山东大学基础医学院本科阶段和研究生阶段的 专业选修课分别于 2015 和 2016 年陆续正式开课。2017 年 9 月山东大学校内课程与中国大学 MOOC 线上课程同步开设。 接下来介绍一下这门的考核方法和标准。最终的成绩由三部分组成：单元测验（30%）， 单元作业（50%），和期末考试（20%）。单元测验都是选择题和判断题。单元作业是需要动 动手实际操练一下的。期末考试也是选择题和判断题，但是光盯着试卷是做不出答案的，仍 然需要动动手。最终成绩在 60 到 85 分可以获得合格证书，85 分以上可以获得优秀证书。 这门课没有专门的教材，不过这里给你推荐了几本参考教材和资料。首推浙江大学陈铭 教授的生物信息学这本书，本课程组的老师都是这本书的编委。还有人卫出版社的生物信息 山东大学 基础医学院 生物信息学课题组荣誉出品 /bioinfo 《生物信息学》第一章：绪论 探索生物信息学神秘岛-01 这一节我们一起来探索生物信息学神秘岛，看看生物信息学是怎么产生的。 翻开字典，我们会发现非常多 bio 开头的单词，土豆前面加上 bio 就成了有机土豆。化 学加上 bio 是生物化学，还有生物测量学，生物物理学，生物数学，以及生化危机，生物恐 怖主义。好像所有单词前面都能加上个 bio，于是有人就在信息学前面加上了 bio，有了生物 信息学。可是这个单词到底是什么意思呢？ 这里有很多人试图对这个词做出解释。但他们都如同瞎子摸象一般，只摸到了生物信息 学的一个角落。这些人中有生物医药领域的科研工作者，有制药公司的首席科学家，有开发 生物数据库的软件工程师，也有正在为 DNA 检测头疼的警察，还有被转基因所困惑的家庭 主妇，有你有我有他，还有很多很多人。大家都在生活和工作中或多或少的涉及生物信息学， 但都不是生物信息学的全部。因此我们说，生物信息学是一个交叉学科，涉及各个领域，遍 布每个角落。 为了更好的理解什么是生物信息学，我们回顾一下历史，看看生物信息学的起源。很早 的时候没有生物信息学，但是已经有了生物学和计算机科学，随着这两个学科的发展，他们 俩慢慢的很自然的就走到了一起。 这里我们将生物学的起点定在 19 世纪的拉马克，将计算机科学的起点定在 17 世纪的帕 斯卡。拉马克的“用进废退