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动物基因组学基础;第一节 基因组学(genomics)概述;;人类基因组计划;基因组计划大体可分为：;基因组学的研究内容;第二节 基因组图谱的构建;基因组图谱;一、 遗传图谱 遗传图谱（genetic map）：根据遗传性状（如已知基因位点、功能未知的DNA标记、可鉴别的表型性状）的分离比例→将其定位在基因组中，构建相应的连锁图谱。通常以交换过程中的分离频率厘摩（cM）来表示。cM值越大，两者之间距离越远;（一）遗传标记 图谱构建中需要可以鉴别的标记(marker) 遗传标记（Genetic Markers）：是指能够用以区别生物个体或群体及其特定基因型，并能稳定遗传的物质标志 基因标记：用基因作为标记，分析各基因间的连锁关系及遗传距离，绘制出连锁遗传图谱 DNA标记：RFLP、SSLP、SNPs等 包括形态标记、细胞学标记、生化标记、DNA分子标记;形态标记;最早建立的果蝇连锁图，就是利用控制果蝇眼睛的形状、颜色，躯体的颜色、翅膀的形状等形态性状作为标记，分析它们连锁关系及遗传距离，绘制而成的 控制性状的其实是基因，所以形态标记实质上就是基因标记;细胞学标记;生化标记;DNA分子标记;理想的分子遗传标记应具备的特点;1.限制性片段长度多态性第一代DNA遗传标记（restriction fragment length polymorphism，RFLP）;RFLP 分析过程;RFLP 分析结果;RFLP 标记的特点;PCR-RFLP;2.VNTR ;VNTR 标记的特点;VNTR 应用;3.微卫星第二代DNA遗传标记 （short tandem repeat ,STR）;STR 标记检测方法;STR 标记特点 ;4.RAPD随机扩增多态性DNA;RAPD 标记特点;5.AFLP; ;SNPs 标记特点;（二）遗传图谱的构建;连锁分析;1.参考家系;标记间的连锁分析;人类遗传图谱的构建;现有的人类遗传图谱;二、物理图谱（physical map）;遗传图谱的缺陷;物理作图的方法;限制酶作图（restriction mapping）;2）荧光原位杂交（Fluorescent in situ hybridization,FISH);3）序列标签位点(sequenc-tagged site，STS);STS作图原理：;常用的两大类型：;人类基因组物理图;遗传图与物理图的整合;三、转录图;四、人类基因组的序列图;五、基因组图谱的应用;标记辅助选择（Marker-assisted Selection, MAS）;第三节 基因组测序;鸟枪法（shotgun sequencing）;鸟枪法的优缺点;克隆重叠群法（clone contig）;第四节 基因定位方法;一、质量性状的基因定位;二、数量性状的基因定位; QTL定位的概念 确定一个数量性状受到多少个QTL作用的控制，确定它们在染色体上的位置，并估计出它们对数量性状的效应大小及其互作效应，该过程称为 QTL定位(QTL mapping)。 ;QTL作图原理 ; 利用QTL与遗传标记之间的连锁关系，在一个大群体中进行标记基因型和被测数量性状表型值记录，通过统计方法进行连锁分析，确定连锁关系。 用于QTL定位的遗传标记是DNA分子标记，目前常用的有：RFLP、RAPD、AFLP、SSR、SSCP以及DSCP等。;;（1）选择适宜的遗传标记； （2）选择在所研究数量性状上处于分离状态的纯系或高度近交系； （3）进行系间杂交获得分离世代的F2个体或者进行回交获得BC个体； （4）检测各世代群个体的标记基因型并记录其数量性状表型值； （5）分析标记基因型与数量性状表型值之间是否存在连锁关系，确定QTL连锁群，估计QTL效应。;定位QTL主要有两种方法;数量性状基因定位分析方法;新基因的克隆;位置克隆;功能克隆;候选克隆;QTL定位的意义 ① 可以利用分子遗传标记对数量性状基因型进行标记辅助选择（MAS）来提高家畜育种的效率，特别是对低遗传力性状和限性性状而言； ② 将转基因技术用于数量性状的遗传操作； ③ 能够鉴别由多因素引起的遗传疾病，为基因治疗和改进预防措施提供依据； ④ 对这些QTL基因的数目和特性有所了解后，可以使数量遗传学理论建立在更加完善的基础上，对家畜育种实践的指导更为科学合理。 ;第五节 功能基因组学;（一）鉴定DNA序列中的基因 （二）同源有哪些信誉好的足球投注网站设计基因功能 （三）实验性设计基因功能 （四）描述基因表达模式 ;（一）鉴定DNA序列中的基因;根据序列分析搜寻基因 ; ;同源查询;同源查询的依据;（三）实验性设计基因功能;（四）描述基因表达模式;转录组学的研究方法－DNA芯片技术;;蛋白质组学(proteomics);