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酶切位点(
酶切位点( Restriction Enzyme cutting site ):DNA 上一段碱基的特定序列,
限制性内切酶
限制性内切酶 能够识别出这个序列并在此将
DNA 序列切成两段。
可能存在同尾酶,不同酶的识别序列不同,
有的可能能识别多个酶切位点比如 STY1 识别序列有 WW
PCR 引物设计时酶切位点的保护碱基表
不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求(在本表中没有列出的
酶,则通常需在识别位点两端至少加上 6 个保护碱基,以确保酶切反应的进行。 )
保护碱基:当酶切位点在双链 DNA 的尾端时,限制性内切酶经常不能成功切断(简
单的想象为酶遇到识别位点之后从旁边掉下去了…… =_=|||)所以经常在引物设计时,在末端的限制性内切酶识别位点之后再加上 2
单的想象为酶遇到识别位点之后从旁边掉下去了…… =_=|||)所以经常在引物设计
时,在末端的限制性内切酶识别位点之后再加上 2、3 个碱基以确保成功酶切。比
如 你 的 引 物 是
5‘
GCTAGCNNNNN……
3’
可 以 改 成
5‘ CAGGCTAGCNNNNN…… 3’ 呃……CAG 是我随便加的,你可以考虑一下
CG/AT 含量
酶
寡核苷酸序列
链长
2
切割率%
hr 20 hr
GGTCGACC
8
0
0
Acc I
CGGTCGACCG
10
0
0
CCGGTCGACCGG
12
0
0
CACATGTG
8
0
0
Afl III
CCACATGTGG
10
90
90
CCCACATGTGGG
12
90
90
GGCGCGCC
8
90
90
Asc I
AGGCGCGCCT
10
90
90
TTGGCGCGCCAA
12
90
90
CCCCGGGG
8
50
90
Ava I
CCCCCGGGGG
10
90
90
TCCCCCGGGGGA
12
90
90
BamH I
CGGATCCG
8
10
25
CGGGATCCCG
CGGGATCCCG
10
90
90
CGCGGATCCGCG
12
90
90
CAGATCTG
8
0
0
Bgl II
GAAGATCTTC
10
75
90
GGAAGATCTTCC
12
25
90
GGCGCGCC
8
0
0
BssH II
AGGCGCGCCT
10
0
0
TTGGCGCGCCAA
12
50
90
BstE II
GGGT(A/T)ACCC
9
0
10
AACTGCAGAACCAATGCATTGG
22
0
0
BstX I
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
24
25
50
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
27
25
90
CATCGATG
8
0
0
GATCGATC
8
0
0
CCATCGATGG
10
90
90
CCCATCGATGGG
12
50
50
GG^AATTCC
8
90
90
EcoR I
CGG^AATTCCG
10
90
90
12
90
90
CCGG^AATTCCGG
GGGGCCCC
8
90
90
Hae III
AGCGGCCGCT
10
90
90
TTGCGGCCGCAA
12
90
90
CA^AGCTTG
8
0
0
Hind
I
II
CCA^AGCTTGG
10
0
0
12
10
75
CCCA^AGCTTGGG
Kpn I
GGGTACCC GGGGTACCCC
8 0
10 90
0
90
CGACGCGTCG102550CCCATGG
CGACGCGTCG
10
25
50
CCCATGGG
8
0
0
Mlu
Nco
I
I
Nde
I
12 90
8 0
90
0
CATGCCATGG
CATGCCATGGCATG
14
50
75
CCATATGG
8
0
0
CCCATATGGG
10
0
0
CGCCATATGGCG
12
0
0
GGGTTTCATATGAAACCC
18
0
0
GGAATTCCATATGGAATTCC
20
75
90
GGGAATTCCATATGGAATTCCC
22
75
90
GGCTAGCC
8
0
0
Nhe
I
CGGCTAGCCG
10
10
25
CTAGCTAGCTAG
12
10
50
TTGCGGCCGCAA
12
0
0
ATTTGCGGCCGCTTTA
16
10
10
Not
I
AAATATGCGGCCGCTATAAA
20
10
10
ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT
24
25
90
AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA
28
25
90
TGCATGCATGCA 12
10 90
Nsi I
CCAATGCATTGGTTCT
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