一种基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法.pdfVIP

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2023-04-21 发布于北京
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一种基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法.pdf

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本发明涉及一种基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法，其中基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法包括：首先在NCBI官方网站获取需要进行基因组组装的数据集，对数据集进行处理。将数据拼接后利用gSACA‑K算法计算后缀数组等辅助信息。根据数据特点选择相应的模式构建单调栈，遍历后缀数组对单调栈进行维护，判断后缀类型进行相应的操作，并在维护过程中获取所需信息来完成基因组组装的预处理，最后根据获取到的信息来建立边权图，边权图的建立即代表基因组组装预处理的完成。

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 113903411 A (43)申请公布日 2022.01.07 (21)申请号 202110916224.7 (22)申请日 2021.08.11 (71)申请人东北林业大学地址