《生物信息学》教学课件 KEGG数据库的使用.ppt

LIGAND数据库-反应中各种化合物的信息 丙酮酸盐 pyruvate * * LIGAND数据库-反应中各种化合物的信息 丙酮酸盐 pyruvate * * 系统信息 基因组信息 化学信息 健康信息 * GENES数据库-不同基因或基因组信息 柠檬酸盐合成酶 * eco:b0720 物种名：entry name gltA 基因名 * * bacillus subtilis 枯草芽胞杆菌 * KO（KEGG orthology）数据库——某一基因的同源基因 * * * * BLAST 人类Glycolysis 中的hexokinase（己糖激酶） * * * * * * * * * KEGG数据库的使用 * * * * KEGG用途 某一代谢途径 某一化合物的信息、化合物涉及的反应 某一基因的信息，某物种中是否含有某基因 某一未知序列，是否有相应的基因或酶与其对应 http://www.kegg.jp/ * * Bacteria Archaea * * 系统信息 基因组信息 化学信息 健康信息 * PATHWAY数据库-查询各种代谢途径 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系； 基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图； 该数据库储存了基因功能的相关信息，通过图形来表示细胞内的生物学过程，例如代谢，膜运输，信号传导和细胞的生长周期。 * * * Glycolysis / Gluconeogenesis 酶 反应中的化合物 反应方向 反应可以通过中间产物与其他途径发生联系 * * * * 己糖激酶 * * Glycolysis / Gluconeogenesis - Homo sapiens (human) * 葡萄糖磷酸变位酶 * * * * * *