《生物信息学》教学课件 MEGA 分子进化遗传分析.ppt

MEGA version 6:Molecular Evolutionary Genetic Analysis 1 MEGA简介MEGA是一款用于分子进化遗传分析的软件。MEGA可用于序列比对、进化树的构建、估计分子进化速度、验证进化假说等。下载地址：/2 MEGA version 6:Molecular Evolutionary Genetic AnalysisTwo ways to create a multiple sequence alignment1.Open the Alignment Explorer,paste in a FASTA MSA2.Select a DNA query,do a BLAST searchonce your sequences are in MEGA,you can run ClustalWthen make trees and phylogenetic analyses3 [3] Click DNA or Protein[2] Select Create a new alignment[1] Open the Alignment explorer4 [4] Find,select,and copy a MSA(eg.FASTA)[5] Paste it into MEGA5 [6] If needed,run ClustalW to align the sequences[7]Save (Ctrl+S)as .mas then exit and save as.meg注：多序列比对结果中，红色表示酸性AA;蓝色表示碱性AA;粉色表示中性亲水AA;深绿色表示脂肪族AA;浅绿色表示芳香族AA;黄色表示含硫AA;橙色表示含亚氨基的2条序列的相似度为52%6 7 Clustal X下载地址：/8 作业1.选择一个自己感兴趣的蛋白质，下载不同物种中此蛋白质的序列，用MEGA软件进行多序列比对。2.查找SARS病毒的核酸序列，选择其中5条下载后用Clustal x软件进行多序列比对。9