生物信息学基因组分析.pptVIP

(3) 可变剪切的预测 将EST, cDNA序列比对到基因组上 现在是31页\一共有56页\编辑于星期三 部分有向图算法 现在是32页\一共有56页\编辑于星期三 3. 比较基因组学 (1) 有功能的通常保守 (2) 例：SUMO底物的预测： a. SUMO化位点存在ψ-K-X-E模体 b. 核定位信号 (NLS) c. 人和小鼠中，SUMO化位点应当保守 d. 功能分析：Gene Ontology (3) 分析结果： a. 2,683个人-小鼠保守的SUMO化底物 b. SUMO化的功能：参与转录调控、信号转导等 现在是33页\一共有56页\编辑于星期三 Gene Ontology：基因本体论 1. 描述基因/蛋白质的功能 2. 三类术语(Term): a. Cellular component: 在哪里？ b. Biological process: 干什么？ c. Molecular function：我是谁？ 现在是34页\一共有56页\编辑于星期三 Gene Ontology：基因本体论 现在是35页\一共有56页\编辑于星期三 现在是36页\一共有56页\编辑于星期三 功能显著性分析：超几何分布 现在是37页\一共有56页\编辑于星期三 现在是38页\一共有56页\编辑于星期三 转录因子 In human proteome: DNA binding (GO:0003677): 2, 255 Transcription factor activity (GO:0003700): 1, 102 regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355): 2, 174 In SUMO Substrates: DNA binding (GO:0003677): 530 Transcription factor activity (GO:0003700): 304 regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355): 510 因此，可以估计1/4 ~ 1/3的转录因子受到SUMO化的调控 现在是39页\一共有56页\编辑于星期三 4. 基因/蛋白质的功能预测 (1) 一级序列的比较：相似的序列具有相似的功能 (2) 保守的功能结构域：保守的功能 (3) 三级结构的比较：相似的结构具有相似的功能 (4) 蛋白质相互作用的预测 现在是40页\一共有56页\编辑于星期三 (1) 一级序列的比较 1. 同源物的鉴定：不同物种中的直系、旁系同源物的预测 2. 主要工具：BLAST 现在是41页\一共有56页\编辑于星期三 (2) 保守的功能结构域 1. 保守的功能结构域：保守的功能 2. 常用工具： 工具 网址 Interpro http://www.ebi.ac.uk/interpro/ Pfam http://pfam.sanger.ac.uk/ SMART http://smart.embl.de/ PROSITE /prosite/ ProDom http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/home.php CDD /Structure/cdd/wrpsb.cgi 现在是42页\一共有56页\编辑于星期三 Bioinformatics, 2008-2009, Semester 1, USTC 人类基因组计划 现在是1页\一共有56页\编辑于星期三 基因组、转录组和蛋白质组 基因组 转录组 蛋白质组 化学生物学 现在是2页\一共有56页\编辑于星期三 本章内容提要 1. 基因组的结构与内容 2. 基因组注释 3. 比较基因组学 4. 基因/蛋白质的功能预测 现在是3页\一共有56页\编辑于星期三 1. 基因组的结构与内容 (1) 基因的结构 (2) mRNA：可变剪切 (3) 蛋白质：翻译后修饰 (4) 相互作用网络：基因、蛋白质、小分子之间的相互作用 (5) 非编码区 a. 功能元件: 转录因子结合位点；启动子… b. Non-coding RNA: MicroRNA c. 转座子 d. 重复片段 e. 伪基因 (Pseudogene) 现在是4页\一共有56页\编辑于星期三 (1) 基因的结构 现在是5页\一共有56页\编辑于星期三 基因组大小 基因数 现在是6页\一共有56页\编辑于星期三 基因数量 - 生物复杂性？ 1. 基因数量的变化，无法解释生物学功能、调控机理以及物种多样性和复杂性的巨大变化 2. 当前解释：蛋白质组的多样性和复杂性 - 物种的多样性和复杂性；~10,000,000种蛋白质分子 3. 两种观点： a. 转录后层面，mRNA剪切