生物信息数据库及生物信息分析软件应用.pptxVIP

生物信息数据库及生物信息分析软件应用;实验目的;实验主要内容;欧洲分子生物学实验室 EMBL( European Molecular Biology Laboratory ) 美国生物技术信息中心 NCBI (National Center for Biotechnology Information ) 日本遗传研究所 DDBJ (DNA Data Bank of Japan ) ;国际权威数据库;蛋白质数据库 SWISS-PROT TrEMBL (translation of EMBL) PIR (Promoter information resource) PRF （Promoter research foundation） PDBSTR （Re-organized Protein data Bank）Prosite 结构数据库 PDB (Protein Data Bank) NDB (Nucleic Acid Database) DNA-bind Protein databaseswiss-3D IMAGE 酶和代谢数据库KEGG （Kyoto Eneyclopedin of genes genemes） PKR (Protein Kinase Resource) 文献数据库PubMed OMIM Agricola;孟德尔人类遗传（OMIM），三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB），唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）。 Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类和结构数据的有哪些信誉好的足球投注网站和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得，PubMed是一个网络有哪些信誉好的足球投注网站界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。 BLAST是一个NCBI开发的序列相似有哪些信誉好的足球投注网站程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列有哪些信誉好的足球投注网站。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器，提供用文本有哪些信誉好的足球投注网站或序列相似有哪些信誉好的足球投注网站访问数据库一种可选方法。;第8页/共44页;核苷酸数据库;第10页/共44页;文献数据库;;第13页/共44页;; 浏览染色体; 浏览染色体; 浏览染色体;Blastp：氨基酸序列检索蛋白质库 将待???询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询；(Search a nucleotide database using a nucleotide query) Blastn：核苷酸序列检索核苷酸库 将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询；(Search a nucleotide database using a nucleotide query) Blastx：核苷酸序列?氨基酸序列?蛋白质库 先将待查询的核酸序列按6种可读框架(逐个向前3个碱基和逐个向后3个碱基读码)翻译成蛋白质序列，然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询；(Search protein database using a translated nucleotide query ) tBlastn 先将核酸序列数据库中的核酸序列按6种可读框架翻译成蛋白质序列，然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询；(Search translated nucleotide database using a protein query ) tBlastx 先将待查询的核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按6种可读框架翻译成蛋白质序列，然后再将2种翻译结果从蛋白质水平进行查询。(Search translated nucleotide database using a translated nucleotide query );序列特征注释Annotation by se