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2023-06-11 发布于四川
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基于FPGA的基因序列组装算法计算加速方法.pdf

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本发明公开了一种基于FPGA的基因序列组装算法计算加速方法，包括CPU和FPGA的异构计算平台，该方法包括以下步骤：1)过滤阶段，在CPU主机上将查询序列Kmer化得到一系列种子，然后依次寻找所有种子在参考序列区间上的匹配位置，即命中；然后对各个命中区间中种子重叠的碱基数目进行计数，挑选数量大于阈值的位置作为候选位置；2)扩展阶段，通过优化后的Smith‑Waterman算法，以候选位置作为起点开始扩展，通过CPU对矩阵的分块加以控制；FPGA对每个分块矩阵进行运算得到部分回溯路径；3)CPU将

(19)国家知识产权局 (12)发明专利 (10)授权公告号 CN 113012760 B (45)授权公告日 2022.07.05 (21)申请号 202011484784.1 G16B 40/00 (2019.01) (22)申请日 2020.12

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