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讲义数据库检索生物医学知识;第四章 数据库检索;NCBI数据资源;Nucleotide: 核酸序列数据库 PubMed: 生物医学科学文摘数据库 GEO：基因表达谱数据库。收集存储微阵列基因表达数据 Protein: 蛋白质序列数据库 SNP: 单核苷酸多态性数据库 Taxonomy: 物种分类学数据库 Gene: 基因数据库。提供序列及基因描述信息 Structure: 大分子三维结构数据库 3D Domains: 特定功能域的三维结构数据库 UniGene: GenBank分离的非冗余基因簇。包含已确定基因和EST。每个簇包含唯一的非冗余的基因序列、表达的组织类型和基因图谱位点。 UniSTS: 序列标签位点数据库，用于作图位点 PopSet: 人口研究数据库 Books: 在线生物医学图书数据库 OMIM: 在线人类孟德尔遗传目录数据库 Conserved Domains: 保守结构域数据库 Cancer Chromosomes: 癌症染色体数据库 Homologene: 基因同源物数据库 Journals: 杂志及出版社信息数据库 Genome: 基因组数据库，提供完成的基因组/染色体图形 GDS: GEO的基因表达实验与生物芯片数值结果数据库 ;Entrez;第6页/共54页;检索规则;数据库使用实例;序列数据查询实例;问题一：这是哪个基因？;NCBI: BLAST;nucleotide blast;Megablast: 找基因序列;提交序列;NM_001168.2;BIRC5(survivin);Gene info: 17号染色体;功能注释：Gene Ontology;结论一;问题二：编码的蛋白质序列是怎样的？;NM_001168.2;获取蛋白质的序列信息;NP_001159.2：142aa;结论二;问题三：有没有保守的功能结构域 (domain)？;获取FASTA序列;FASTA格式的序列;find conserved domains;填入蛋白质的FASTA序列;BIR domain;结论三;问题四：它的功能是怎样的？;UniProt: 蛋白质数据库;在人中做BLAST有哪些信誉好的足球投注网站;O15392;BIRC5的蛋白质信息;功能注释;结论四：功能分析;问题五：它在真核生物中保守吗？;ExPASy Blast;在酵母中进行序列比对;酵母BIR1: P47134;酵母BIR1的信息;结论五：;问题六：有没有三级结构信息？;PDB：三级结构数据库;PDB的三级结构信息;用Jmol显示三级结构;PDB的三级结构信息;Raswin: 三级结构显示;总结;作业;问题：;感谢您的欣赏