未经许可不得传播bioinformatics课程nr phylogenetics v.pdfVIP

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2023-06-30 发布于北京
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未经许可不得传播bioinformatics课程nr phylogenetics v.pdf

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第八讲序列相似性、同功同源和进化分析 1 Wei-Hua Chen College of Life Science and Technology (CLST) June 27, 2021 ▪ Unbiased versus biased methods ▪ Without a predetermined point of view ▪ With a predetermined point of view ▪ Causation versus correlation Healthy state → disease state ?? Increased gene expression Decrease gene expression in unhealthy individuals Disease state → Healthy state June 27, 2021 2 ▪ 1. What is MSA? ▪2. why should we do MSA? ▪ Biological significance of MSA ▪3. How? Available tools and their advantages and disadvantages ▪ tools to improve MSA qualities ▪4. How to choose the right tool? ▪ Evaluation of MSA quality ▪ Ben ark dataset ▪ Ben arking ▪ Choose the best June 27, 2021 3 ▪ Part 1: multiple sequence alignment ▪ What, why and how? ▪ part 2: Tools in phylogenetic tree reconstruction ▪ 1. what? ▪ 2. why? ▪ 3. how? ▪ Command line tools ▪ The best practice ▪ Online tools ▪ Part 3: Tools in tree manipulation, annotation and visualization June 27, 2021 4 ▪ Part 1: multiple sequence alignment ▪ What, why and how? ▪ part 2: Tools in phylogenetic tree reconstruction ▪ 1. what? ▪ 2. why? ▪ 3. how? ▪ Command line tools ▪ The best practice ▪ Online tools ▪ Part 3: Tools in tree manipulation, annotation and visualization June 27, 2021 5 Made by GENEDOC