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生物信息学12的学习资料;学习目的;第一节 生物信息学(Bioinformatics);一、生物学基础;;二、发展背景和定义;生物信息——广义的概念;发展背景;Background 背景;生物医药工业;Definition of Bioinformatics (1);Definition of Bioinformatics (2);;算法 统计学 信息理论 图形学 科学可视化 图像识别 人工智能 密码学 非线性动力学 计算机模拟 语言学 机器学习 数据库 软件工程 计算机网络 分布式系统;生物信息学研究意义;第16页/共78页;生物信息学 – 研究方向;三、生物信息学的研究内容;Statistics 统计学;几个常用 数学模型概念与方法;网络技术;生物信息学研究内容;与HGP相关的生物信息学研究 ;2、序列片段的拼接;第25页/共78页;Alignment;Raw DNA sequence;基因识别;;第30页/共78页;第31页/共78页;Evaluating Gene Prediction;;基因功能预测 ;Protein Sequence;蛋白质结构预测 ;Anfinsen， 1960es X-射线衍射和核磁共振;第38页/共78页;蛋白质的二级结构;蛋白质分子的三级结构;其它结构层次;影响蛋白质结构的理化因素;同源模型方法;流行的序列分析工具;二级结构预测 ;蛋白质三级结构预测 ;;Macromolecular structure;Genomes;比较基因组学研究;基于完整基因组数据的生物进化研究;;Gene expression;基因表达分析和调控网络研究;Hierarchical Clustering;Principal Component Analysis;Metabolic pathways;;Literature;其他;基因芯片设计及信息处理;四、生物信息学研究现状;国际著名的生物信息中心;国内部分生物信息学和生物医学信息服务器;北京大学生物信息中心;构建二次数据库;其他数据库;DictyDb（Dictyostelium discoideum genome database Dictyostelium discoideum基因组数据库） /others/dsmith/dictydb.html EcoCyc（Encyclopedia of E.coli genes and metabolism? 大肠杆菌基因和代谢百科全书）? EcoGene（Escherichia coli K12 genome database? Escherichia coli K12基因组数据库）/EcoGene/EcoWeb/? FlyBase（Drosophila genome database? 果蝇基因组数据库）/? http://gin.ebi.ac.uk:7081/? HIV（HIV sequence database? HIV序列数据库）/? MaizeDB（Maize genome database? 玉米基因组数据库）/? IMGT（ImMunoGeneTics db? 免疫基因标记数据库）usc.fr:8104/? MAIZE-2DPAGE（Maize genome 2D Electrophoresis database? 玉米基因组双向电泳数据库）http://moulon.moulon.inra.fr/imgd/? Mendel（Mendel-GFDb (Plant genes families database)? 孟德尔植物基因家族数据库）http://www.mendel.ac.uk? MGD（Mouse genome database? 小鼠基因组数据库） /? .au/mgd/? http://bioinformatics.weizmann.ac.il/mgd/? http://mgd.hgmp.mrc.ac.uk/? http://mgd.niai.affrc.go.jp/? ;MIM（Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)? 人类孟德尔遗传网上数据库）/omim/? NRSUB（Non-redundant B.subtilis database? 无冗余枯草杆菌数据库）http://pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html? SGD（Saccharomyces Genome Database? 酵母基因组数据库）/Saccharomyces/? SubtiList（Bacillus subtilis 168 genom