高通量测序技术在线虫多样性研究中的应用.pdf

2022, 30 (12): 22266, pages 1–11 doi: 10.17520/biods.2022266 •综述• 土壤动物多样性: 物种与群落研究专辑 高通量测序技术在线虫多样性研究中的应用 1,2 1 1,2 1,2 1* 1* 孙翌昕 , 李英滨 , 李玉辉 , 李冰 , 杜晓芳 , 李琪 1. 中国科学院沈阳应用生态研究所土壤生态与农业生态工程研究中心, 沈阳 110016; 2. 中国科学院大学, 北京 100049 摘要: 土壤线虫多样性是土壤生态学研究的热点之一, 然而对土壤线虫群落组成及多样性的研究通常受到分类学和方法学 的限制。当前, 分子生物学技术的快速发展丰富了我们对土壤线虫多样性的认识, 但也存在一定的局限性。本文综述了常用 分子生物学技术如变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE) 、末端限制性片段长度多态性分析 (terminal restriction fragment length polymorphism, T-RFLP)、实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qPCR)和高通量测 序(high-throughput sequencing, HTS)技术近年来在线虫多样性研究中的应用, 重点从土壤线虫DNA提取方法、引物和数据库 的选择、高通量测序技术和形态学鉴定结果的比较等方面阐述了高通量测序技术在线虫多样性研究中的优势与不足, 并提出 选择合适的线虫DNA提取方法结合特定引物和数据库进行注释分析, 仍是今后使用高通量测序技术开展线虫多样性研究的 重点。当研究目标是土壤线虫多样性时, 优先推荐富集线虫悬液提取DNA 的方法, 因此, 研究人员应根据具体目标选择最优 组合开展实验研究。 关键词: 分子生物学技术; 高通量测序; 土壤线虫多样性; 线虫DNA提取; 形态学鉴定 孙翌昕 , 李英滨 , 李玉辉 , 李冰 , 杜晓芳 , 李琪 (2022) 高通量测序技术在线虫多样性研究中的应用 . 生物多样性 , 30, 22266. doi: 10.17520/biods.2022266. Sun YX, Li YB, Li YH, Li B, Du XF, Li Q (2022) Application of high-throughput sequencing technique in the study of nematode diversity. Biodiversity Science, 30, 22266. doi: 10.17520/biods.2022266. Application of high-throughput sequencing technique in the study of nematode diversity Yixin Sun1,2, Yingbin Li 1, Yuhui Li1,2, Bing Li1,2, Xiaofang Du1*, Qi Li 1* 1 Soil Ecology and Agro-ecological Engineering Research Center, Institute of Applied Ecol