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FastTree构建系统发育树详细教程 FastTree可以基于核酸和蛋白序列建树，一次性可对数以百万条序列的文件进行处理，运行速度是? PhyML 3.0或 RAxML 7的100-1000倍。默认参数设置下精度优于PhyML 3。下面详细演示如何进行系统树构建和树形处理。 下载FastTree，将其放在电脑D盘，新建文件夹，命名为“FastTree”。 2．由于该软件读取的是经过 alignment处理后的序列文件（fasta格式或? phylip格式），所以提前准备好建树所需的序列文件，即，将序列文件在mega软件中进行alignment，然后保存成fasta格式，命名为tree.fas（也可随意命名），以备后续建树使用。 将上述经alignment后的fasta文件放到D盘的FastTree文件夹内。 点击电脑左下角的windows图标，输入“cmd”，点击进入命令行输入窗口，如下图 输入“D:”点击回车键进入D盘 注：回车键后会出现D:\表示进入了D盘。因为FastTree建树软件在D盘。 再输入cd FastTree，点击回车就进入了FastTree的文件夹，此时我们就进入到放有FastTree.exe的文件夹了，接下来就可以输入命令行进行建树了。 构建核酸序列树：如果要使用核酸序列的alignment文件，使用GTR+CAT模型建树，可以直接输入FastTree -gtr -nt tree.fas tree点击回车就可以出现一个名为“tree”的系统树文件（也可以随意命名，这里只是最为演示）。注：如果不输入-gtr的话，系统会默认使用Jukes-Cantor + CAT?模型进行替代。 构建蛋白序列树：如果是使用蛋白序列的alignment文件建树，并使用JTT+CAT模型，可以直接输入FastTree tree.fas tree（注：这里的tree.fas是你经过alignment后保存的序列文件，你可以随意命名；tree是你输出的树的文件，也可以随意命名。当然命令行中还可以添加“-wag”是WAG+CAT模型的意思；添加“-lg”是?LG+CAT?模型的意思。） 使用Figtree软件可以打开自动生成的名为tree的树，然后对树进行编辑。 打开后将Figtree工具栏中的“Node Labels”勾选，然后在“Display”选项中选择“Label”就可以把系统树分枝上的支持值显示出来。如下图 如果想把某条序列作为根，可以在分枝上直接点击这个序列，然后点击上方工具栏中的“Reroot”。 如果想要改变一下系统树分枝的上下位置，使树形变得更加美观，也可以点击系统树分枝，然后使用上方工具栏中的“Rotate”进行位置的上下调换。