SN_T 4626-2016DNA条形码物种鉴定操作规程.pdf

SN中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T 4626—-2016DNA条形码物种鉴定操作规程Protocol for species identification based on DNA barcode databases2017-03-01实施2016-08-23 发布中华人民共和国发布国家质量监督检验检疫总局 SN/T 4626-2016前言本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。本标准由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。本标准起草单位：中国检验检疫科学研究院、国家质检总局信息中心、山东出入境检验检疫局。本标准主要起草人：陈岩、张燕平、迟海英、赵文军、吴绍强、朱水芳。 SN/T 4626--2016DNA条形码物种鉴定操作规程1 范围本标准规定了我国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统的鉴定流程，本标准适用于我国动物、植物与口岸卫生检疫性有害生物的DNA条形码物种鉴定。2术语和定义下列术语和定义适用于本文件。2.1DNA 条形码技术 DNA barcoding利用标准化的、有足够变异的、易扩增且相对较短的基因片段，用于物种鉴定和新种发现的生物身份识别技术。2.2DNA barcode appraisal system on Chinese quaran-中国检疫性有害生物DNA条形码鉴定系统tinepests网址 http: // 。2.3S 值与E 值 S-score and E-valueS值(S-score)表示两条DNA序列(查询序列和目标序列)的相似程度，分值越高表明它们之间相似的程度越大。E值(E-value)是 S 值可靠性的评价。E 值表示在随机情况下，其他目标序列与查询序列的相似度要高于查询序列和目标序列相似度的可能性。E值越低，S值越可靠，也就是说目标序列和查询序列相似度越高。当 E 值小于 10-5时,表明两序列有较高的相似性。2.4FASTA 格式 FASTA format在生物信息学中，一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名和注释。序列文件的第一行是由大于号“”开始，用于序列标记。从第二行开始为序列信息，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。通常核苷酸符号大小写均可，而氨基酸只用大写字母。注:示例参见附录 A。2.5DNA 条形码DNA barcodesCO1:线粒体细胞色素c氧化酶亚基1,动物DNA条形码ITS:内转录间隔区，真菌和植物DNA条形码rbcL:叶绿体基因,植物 DNA 条形码matK:叶绿体基因,植物 DNA 条形码16S：16S核糖体RNA，细菌 DNA条形码1 SN/T 4626—20163DNA条形码物种鉴定策略3.1Blast 鉴定BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)基于局部序列比对，对数据库进行快速有哪些信誉好的足球投注网站，其特点是仅有哪些信誉好的足球投注网站序列之间高度相似的区域，可以兼顾到有哪些信誉好的足球投注网站的精确性和有哪些信誉好的足球投注网站速度，是目前应用最广泛的序列相似性有哪些信誉好的足球投注网站工具之一。BLAST的运行方式是先用目标序列建立数据库，数据库里面的每一条序列为目标序列，然后用查询序列与数据库中的目标序列做两两序列局部比对，从而得到全部比对结果。3.2BLAST 判定标准首先构建标准的参考数据库，参考数据库需包含要鉴定物种的样品，在一定的E值下对数据库进行BLAST有哪些信誉好的足球投注网站，如果查询序列的最佳匹配均为目标物种的不同样品，不包含其他物种的样品，则认为与该查询序列最接近的物种是目标物种。4系统鉴定流程4.1登录平台主页，点击物种识别”导航条，进人物种识别页面。参见附录 B。4.2在鉴定框内输人FASTA格式（或纯文本格式）序列后，点击“提交鉴定”，系统进行BLAST后，自动生成鉴定结果。参见附录C。4.3研究结果判定：相似度最高的10条序列为相同物种，且最大相似度在98%以上，可明确判定为该物种；否则辅以其他鉴定方法。2 SN/T 4626—2016附录A(资料性附录)FASTA格式文件FASTA格式文件示例如下：Solenopsis invictaTGGTCAACCAAACATAAAGATATTGGAATTTTATATTTTATTCTTGCAATTTGAGCAGGAATAATTGGATCATCTATAAGAATAATCATCCGATTAGAACTAGGATCTTGTAATTCTCTAATTAATAATGATCAAATCTACAACTCCTTAGTTACTAGACACGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATGCCCTTCATAATTGGAGGATTTGGAAATTTCTTAGTGCCCTTAATACTTGGGTCCCCCGATATGGCCTATCCTCGAATAAATAATATAAGATTTTG