SN_T 4877.13-2019基因条形码筛查方法 第13部分：检疫性马铃薯Y病毒属病毒.pdf

ICS 65.020.01B 16SN中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T 4877.13—2019基因条形码筛查方法第13部分：检疫性马铃薯Y病毒属病毒DNA barcoding screening method-Part 13: Qurantine Potyviruses2019-09-03发布2020-03-01实施燕中西世出版社有限公司A华人民共和国海关总署发布ete刮开涂激活密码 SN/T 4877.132019前言SN/T4877《基因条形码筛查方法》分为15个部分：第1部分：检疫性棒形杆菌；第2部分：检疫性黄单胞菌；-第3部分：检疫性植原体；一第4部分：检疫性茎点霉；第5部分：检疫性拟茎点霉；第6部分：检疫性嗜酸菌；第7部分：检疫性轮枝菌；第8部分：检疫性炭疽菌；第9部分：检疫性腥黑粉菌；第10部分：检疫性疫霉；第11部分：检疫性异株苋亚属；第12部分：黄瓜绿斑驳花叶病毒；第13部分：检疫性马铃薯Y病毒属病毒;第14部分：检疫性南方菜豆花叶病毒属病毒；第15部分：检疫性叶点霉。本部分为SN/T4877的第13部分。本部分按照GB/T1.1--2009给出的规则起草。请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。本部分由中华人民共和国海关总署提出并归口。本部分起草单位：中华人民共和国北京海关、中华人民共和国青岛海关。本部分主要起草人：邓丛良、刘兴亮、张丽杰、王英超、赵晓丽、骆卫峰、郑春生。 SN/T 4877.13--2019基因条形码筛查方法第 13部分:检疫性马铃薯Y病毒属病毒1范围SN/T 4877 的本部分规定了检疫性马铃薯 Y病毒属病毒的基因条形码筛查方法中 RNA 提取、基因扩增、序列的比对分析及结果判定等。本部分适用于寄主植物中马铃薯Y病毒属中检疫性病毒的筛查。2规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件,其必威体育精装版版本(包括所有的修改单)适用于本文件。SN/T2122进出境植物及植物产品检疫抽样方法3术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1DNA 条形码DNA barcode生物体内能够代表该物种的,标准的、有足够变异的、易扩增且相对较短的 DNA 片段。4马铃薯 Y病毒属基本信息中文名：马铃薯 Y病毒属学名:genus Potyvirus马铃薯 Y病毒属属于马铃薯Y病毒科（Potyviridae），是已知最大的植物病毒属之一，占到已知植物病毒的 20%以上，其代表种是马铃薯Y病毒（Potato virus Y，PVY）。该属病毒包括香蕉苞片花叶病毒(Banana bract mosaic virus，BBrMV)、李痘病毒(Plum por irus，PPV)、马铃薯 A 病毒(Potatovirus A，PVA)和马铃薯V病毒（Potato virus A，PVV)4 种检疫性植物病毒。有关该病毒属的其他信息参见附录 A。5　方法原理以马铃薯 Y病毒属病毒的基因组序列中的保守区域设计合成简并引物，建立该病毒属病毒基因条形码筛查方法;并对 PCR产物进行序列测定，通过序列分析确定病毒种类。因此，马铃薯 Y病毒属的分子生物学特征是制定本检测鉴定方法的主要依据。1 SN/T 4877.13—20196仪器设备与试剂6.1仪器设备与用具研磨仪，微量天平(感量：0.001g),PCR仪，电泳仪，水平电泳槽，凝胶成像仪，高速冷冻台式离心机，水浴槽或恒温孵育器，pH计，各种量程的可调移液器（1000 uL、200μL、100 μL、20 αL、10 μL、2 μL)等。6.2试剂见附录 B。7筛查鉴定方法7.1，抽样检查按照 SN/T 2122给出的方法进行抽样、取样。7.2 RT-PCR 方法按附录 B给出的方法，进行通用RT-PCR检测。用已知病毒分离物作阳性对照，健康植物组织作阴性对照，并设置空白对照。7.3序列测定与分析将PCR产物回收后，进行克隆、测序，或者 PCR产物直接测序（序列测定可由专业的生物公司完成）。把测定的核苷酸序列及翻译后的氨基酸序列与已知马铃薯 Y病毒属的病毒序列(参见附录C)进行比对。采用邻接法(或者利用 MEGA6 的 NJ 算法)构建系统发育树。注：序列比对可利用 NCBI网站上的BI.AST软件进行，网址为：http：///BLAST。8结果判定8.1RT-PCR方法检测结果为阴性，则判定未检出马铃薯 Y 病毒属病毒。8.2RT-PCR方法检测结果为阳性,则进行序列测定与分析：a）如果翻译后氨基酸序列与马铃薯 Y病毒属已知病毒氨基酸序列同源性最高且大于 80%，则判定检出马铃薯Y病毒属病毒（具体病毒种类还需采用其他方法进一步鉴定）;如