NY_T 1673-2008畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程.pdf

ICS 65.020.30B 44NY中华人民共和国农业行业标准NY/T 1673-2008畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程Detection procedures of microsatellite DNA detection ofgenetic diversity for domestic animals and poultry2008-10-01实施2008-08-28 发布中华人民共和国农业部发布 NY/T 1673--2008前 言本标准的附录 A、附录 B、附录 C、附录 D、附录 E、附录F、附录 G、附录 H、附录 I、附录J为资料性附录。本标准由中华人民共和国农业部畜牧业司提山。本标准由全国畜牧业标准化技术委员会归口。本标准起草单位：全国畜牧总站。本标准主要起草人：郑友民、张桂香、刘丑生、王志刚、于福清、孙秀柱、孙飞舟、赵俊金。1 NY/T 1673--2008畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程1范围本标准规定了猪、牛、羊、鸡等畜禽微卫星DNA遗传多样性检测的技术规程。本标准适用于猪、牛、羊、鸡等畜禽遗传特性分析、遗传距离测定、亲缘关系分析等。2规范性引用文件下列文件中的条款通过本标准的引用而成为本标准的条款。凡是注日期的引用文件，其随后所有的修改单（不包括勘误的内容）或修订版均不适用于本标准，然而，鼓励根据本标准达成协议的各方研究是否可使用这些文件的必威体育精装版版本。凡是不注日期的引用文件，其必威体育精装版版本适用于本标准。GA/T383法庭科学DNA实验室检验规范3术语和定义下列术语和定义适用于本标准。3.1微卫星microsatellite也称短串联重复序列或简单重复序列（short tandcm repcats，STRs；simplc scqucncc rcpcatsSSRs),以1bp6 bp的短核苷酸序列为基本单位,呈串联重复状散在分布于生物体基因组中。3. 2座位locus基因在染色体上的位置称为座位。3.3等位基因频率allelefrequency给定座位上某等位基因所占的比例。3. 4遗传杂合度heterozygosity，h群体中某个座位为杂合子的比例，用于衡量标记方式的信息含量程度。3. 5平均遗传杂合度averageheterozygosity，H反映群体在多个基因座上的遗传变异程度。3. 6多态信息含量polymorphisminformationcontent,PIC在某一群体中可以利用多态性遗传标记作为遗传标志进行基因连锁分析的概率。既利用此多态性遗传标记在群体中进行基因诊断的诊断率。等位基因数月越多，等位基因频率分布越均匀，多态信息含量越大。3. 7遗传分化系数 coefficient of gene differentiation,Gs反映群体的分化程度，其值在0～1之间。多座位时，平均基因分化系数是所有座位的基因分化系数的算术平均值。1 NY/T 1673-20083. 8遗传距离geneticdistance衡量群体间若干性状综合遗传差异大小的指标。按多元统计分析方法计算品种间多个性状基因型值构成的多维空间的几何距离，就叫作群体间的遗传距离。主要的遗传距离分析方法有：Nei氏标准遗传距离(Ncis standard genetic distance,Ds)）、Nei 氏遗传距离(Neis genetic distance,DA)。3.9聚类分析clusteranalysis用数学方法来具体而形象地描述群体之间的关系的科学。主要有非加权组对算术平均法聚类分析(unweighted pair-group mcthod with arithmetic means, UPGMA)和邻近结合法聚类分析(ncighborjoining mcthod,NJ)。4原理微卫星由核心序列和两侧的侧翼序列所构成，侧翼序列使微卫星特异地定位于染色体某一部位，核心序列重复数的差异则形成微卫星高度的多态性。若某个体基因组中某个微卫星重复单位数相等，该个体在该座位的基因型为纯合子，否则为杂合子。检测方法是针对微卫星两端的侧翼序列设计引物，对模板DNA进行PCR扩增，根据结果判断个体基因型，进行统计分析。5检测方法5.1检验样品的采集和保存5.1.1采样个体应具备该品种的典型特征，每品种采集要求三代内无血缘关系的畜禽个体不少于60头（只），其中雄性数量不少于10%。5.1.2样品的采集及保存应满足提取DNA的要求，并详细记录材料名称、来源、系谱、采集时间、地点及保存条件。5.2样品DNA的制备样品DNA的制备方法见附录A，各样品试剂配方见附录B。5.3引物5.3.1引物选择宜使用FAO-ISAG联合推荐的一套用于畜禽微卫星DNA遗传多样性检测的标记，参见附录C、附录 D、附录 E、附录 F、附录 G、附录 H。