基于Meta分析解析羊肠道细菌优势菌群.docx

? ? 基于Meta分析解析羊肠道细菌优势菌群 ? ? 王 彤，刘 倩，严 慧，纪守坤，刘 萱，朱美玉，王亚越，刘月琴，张英杰 （河北农业大学动物科技学院，河北保定 071000） 肠道微生物在刺激新生反刍动物肠道免疫系统建立[1]、参与宿主免疫调节方面发挥重要作用[2]，在动物后肠段营养物质降解利用方面也具有重大意义，羊盲肠微生物发酵产生的挥发性脂肪酸占总产量的12%[3]。细菌作为肠道菌数量最大的一类，其多样性极高，目前已分离鉴定的细菌包括53 个门、26 024 个种[4]，肠道细菌群落受饲料[5-6]、饲养方式[7]、季节[8]和遗传[9]等多因素影响，不同研究中所获得的群落多样性各异，导致研究者对羊肠道微生物群落结构的认知产生争议。Smith 等[10]研究发现，优势物种在维护生物群落稳态方面发挥重要作用，动物胃肠道内的优势菌往往会决定动物机体的采食[11]和免疫[12]等功能，也更容易在肠道中定植生存。因此，肠道中的优势菌群可能也在维护肠道微生态平衡中发挥重要作用，对羊肠道优势菌群进行研究对其肠道微生态调控具有重要意义。 Chang 等[13]研究发现，羊肠道菌以密螺旋体属（Treponema）为绝对优势属，其次有琥珀酸弧菌属（Succinivibrio）和5-7N15。Zhang 等[14]研究发现，小尾寒羊肠道以拟杆菌属（Bacteroides）、瘤胃球菌属（Rumi nococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、梭菌属（Clostri dium）和黄杆菌属（Flavonifractor）为主。研究结果的差异可能与动物个体差异及样本过少等因素有关，羊肠道具有普适参考性的优势菌类型及其丰度区间仍不明确。 Meta 分析能够有效综合同一研究内容的不同独立研究结果，利用系统定量的统计方法，对已发表文献中的同类数据进行合并分析，获得全面性的结论，已形成一套严谨的流程，在医学、生态学等领域广泛应用。因此，本研究采用网状文献检索和Meta 分析法结合，通过对大量文献的丰富数据进行统计，得到羊肠道优势菌群的有效丰度区间，从而达成系统性的评价和描述羊肠道优势菌群及其丰度区间的目的，为羊肠道常驻优势菌的研究提供有力的证据和合理的参考。 1 材料与方法 1.1 文献检索与筛选标准 研究对象为健康羊的优势菌群种类和丰度。采用中国期刊全文数据库（CNKI）和Web of Science 2 个平台，并通过追查已纳入文献的Reference进行检索。检索时间区间为建库到2021 年3 月5 日。在中国知网等中文数据库中，以主题词“羊”、“肠道”、“菌群结构”、“菌群”、“微生物”、“消化道”和“肠道细菌”进行检索。在Web of Science 外文数据库中，以主题词“sheep”、“Goat”、“Lamb”、“Bacterial Community”、“Intestinal Tract”、“Intestinal Flora”和“Microbiota”进行检索。 1.2 文献纳入与排除标准 纳入指标：①英文和中文文献；②结局指标：菌群种类、数量、丰富度与多样性；③试验动物为断奶后的羊。排除标准为：①只能获取Summary且无法与作者获得联系的文献；②研究对象不符合的特殊样本（哺乳期羔羊；瘤胃菌群；小肠菌群）；③数据不全的文献（结果和附表中只有图或文字表述，未给出门或者属的具体丰度信息；未给出SD、SE 或SEM值）；④未公开发表，重复报道或信息不完整的文献；⑤综述、个案报道或基础研究等类型的相关文献。 1.3 资料提取 由研究者进行资料的提取并反复核对，信息提取由研究特征、研究对象的特征和结局指标3 部分组成，包括作者、发表时间、实验方法、研究对象类别、样本量、试验组、对照组、微生物丰度、标准误等。 1.4 统计分析 采用R-4.0.0 软件进行方差倒数法Meta分析，合并效应量为微生物丰度，计算合并之后的点估计值及95%的可信区间（CI）。若原始数据只提供中位数、标准差SD 及样本量N，通过公式计算标准误SE。利用I2和P 进行综合判断是否存在统计学异质性，P＞0.1，I2＜50%，表示存在同质性或异质性很小，采用固定效应模型；P＜0.1，I2＞50%，表示存在较大异质性，采用随机效应模型。使用R-4.0.0 软件绘制漏斗图评价发表偏倚，Thompson 算法计算偏倚显著性，P＜0.05，不对称漏斗形表明可能存在发表偏倚；P＞0.05，对称的漏斗形则表示不存在发表偏倚。 2 结果与分析 2.1 文献检索和筛选 本研究经过初步检索共获得相关文献1 413 篇，在简单阅读Summary后剔除重复文献和不符合要求的文献640 篇，通过阅读文章内容，排除602 篇（包括文献综述43 篇，观察性实验108 篇，菌种致病研究