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肿瘤研究的分子生物学数据库资源第1页/共95页 一篇论文的题目第2页/共95页Zhu F, Zykova TA, Kang BS, Wang Z, Ebeling MC, Abe Y, Ma WY, Bode AM, Dong Z.Bidirectional signals transduced by TOPK- ERK interaction increase tumorigenesis of HCT116 colorectal cancer cells.Gastroenterology. 2007; 133(1):219-31. 主 要 内 容第3页/共95页NCBI的相关数据库资源肿瘤学和血液学的细胞遗传学 ExPASy的数据库资源和工具 NCBI的相关资源第4页/共95页National Center for Biotechnology Information 第5页/共95页 第6页/共95页 Genes and disease第7页/共95页单基因遗传病的站点·介绍多个系统的遗传病，可下载PDF文件。·图示遗传病相关基因在染色体的定位·与相关数据库相互链接 Genes and disease 页页面面第8页/共95页 染色体的图谱第9页/共95页 SKY—Spectral Karyotyping第10页/共95页·多色标记的探针与染色体杂交M-FISH—Multiplex Fluorescence In Situ HybridizationCGH—Comparative Genomic Hybridization·肿瘤和对照细胞的基因组DNA标记不同颜色荧光探 针等量混合后分别与肿瘤和对照细胞的染色体杂交。 SKY的原理第11页/共95页 第12页/共95页 CGH的原理第13页/共95页 CGH比较工具第14页/共95页· 输入染色体片段和得失，如：7[gain]或3p[loss]. 比较工具第15页/共95页 比较结果第16页/共95页 CGH图示第17页/共95页 大规模分析基因表达的方法第18页/共95页·对某一组mRNA中基因表达定量检测·一群mRNA中的每一个mRNA的同一位置取9-10bp的 一段序列，（从统计学上说这样的序列可以代表95%的人类基因），每一种9-10bp的序列的拷贝数则代表基因表达的拷贝数，也就可以说明基因表达活性的高低。 方法RNA反转录为cDNA，同时用生物素标记cDNA末端 随后用一种限制性内切酶（NlaIII (CATG)）切割cDNA分离酶切位点3‘端的序列另一种酶再切割cDNA片段，去除带生物素的3’端 用PCR扩增每一个标签片段，将30-50个不同的标签片段连成一个单一的DNA分子最后克隆并测序这些分子 酶切位点3端的序列出现的拷贝数就代表了基因表达活性的高低第19页/共95页 流程图选择细胞第20页/共95页磁珠分离RNA并合成cDNA锚定内切酶（NlaIII）酶切NlaIII3’端序列为标签，再用BsmF1酶切后释放标签将标签相互连接并连入质粒载体测序并计算标签的拷贝数计算机分析 查询方式第21页/共95页·...by tag·...by sequence·...by library·...by gene name 输入序列先查询序列中的Tag根据Tag来查询在SAGE文库中出现的频率第22页/共95页 输入GenBank号或序列进行查询第23页/共95页 查询结果第24页/共95页 查询结果第25页/共95页 Cancer Genome Anatomy Project (/)第26页/共95页由National Cancer Institute（NCI）管理目的是研究肿瘤细胞的分子改变 CGAP主页第27页/共95页 Genes第28页/共95页 每个基因————一个Gene info页面第29页/共95页·UniGene、LocusLink、OMIM、DTP search、cDNA Libraries、Cluster Assemblies、和SNPs等数据库的链接·细胞遗传学定位和Mitelman断裂点信息·蛋白相似性·人类和小鼠的同源组·IMAGE（Integrated Molecular Analysis of Genomes and their Expression）协议来源的序列链接·全长MGC（Mammalian Gene Collection）克隆链接·Gene Ontology功能分类 Genes工具列表第30页/共95页·Gene finder：按照特定标准查找单个或多个基因的工具·Gene Ontology Browser：通过分子功能、生物学过程和细胞组分对人和小鼠的基因分类·Nucleotide BLAST：通过CGAP界面，查找给定