一步一步教你使用NCBI大数据库资源.docx

实用文档 实用文档 一步一步教你使用 NCBI 数据库资源 随着 ncbi 数据库各种资源的涌现，NCBI 已经成为科研工作者必不可少的资料查找，数据分析的工具。那么 NCBI 数据如何使用，新手入门一步一步教你认识和使用 NCBI 数据库。 综合数据库 NCBI 数据库集 美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)，即我们所熟知的 NCBI 是由美国国立卫生研究院(NIH)于 1988 年创办。创办 NCBI 的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。除了建有 GenBank 核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大 DNA 数据库，其中包括日本DNA 数据库 DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库 EMBL 以及其它几个知名科研机构)之外，NCBI 还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。目前，NCBI 提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR 等共计 36 种功能，而且都可以在NCBI 的主页 上找到相应链接，其中 多半是由 BLAST 功能发展而来的。 NCBI 必威体育精装版进展 PubMed 有哪些信誉好的足球投注网站功能的增强 去年，NCBI 对PubMed 进行了几项改进工作，改动最大的是有哪些信誉好的足球投注网站界面和摘要浏览界面。其中，有哪些信誉好的足球投注网站界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口， 用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行有哪些信誉好的足球投注网站。而且，“论文 作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。现在，在 PubMed 数据库中进行文本有哪些信誉好的足球投注网站的同时还可以立即通过两个“内容传感器(content sensors)”进行分析。一个“内容传感器”是根据作者姓名、所属杂志名称或杂志名缩写、出版日期、卷号或刊号等信息进行分析，然后将符合条件的有哪些信誉好的足球投注网站结果排列到结果列表的顶端。另一个“内容传感器”是根据文章是否与用户给出的条件，例如是否与某种药物相关，在 NCBI 的新增数据库 PubMed Clinical Qamp;A 中进行有哪些信誉好的足球投注网站，然后给出有哪些信誉好的足球投注网站结果。 新增 primer-BLAST 分析工具 2008 年，NCBI 新增了设计、分析 PCR 引物的工具—— Primer-BLAST。Primer-BLAST 的引物设计功能是基于 NCBI 现有的 Primer3 程序发展而来的，Primer3 程序可以为一段DNA 模板序列设计 PCR 引物。Primer-BLAST 在设计出引物之后还在某些相应数据库中进行 BLAST 有哪些信誉好的足球投注网站，因此可以得到特异性引物，扩增出目的片段。用户在给出 DNA 模板的同时还可以限定正向引物或反向引物，这样，NCBI 就只会给出另一条引物。如果用户给出了模板 DNA 和两条引物序列， Primer-BLAST 就只会运行 BLAST 程序，帮助用户对引物进行分析。用户也可以只给出两条引物而不给出模板序列，这时Primer-BLAST 会通过BLAST 程序分析出与这对引物最匹配的模板序列。Primer-BLAST 进行 BLAST 有哪些信誉好的足球投注网站的数据库包括RefSeq mRNA、BLAST nr 和 12 种模式生物基因组数据库。 BLAST 的改进及更新 NCBI 对BLAST 进行了全新的改版，推出了必威体育精装版的 web BLAST report。在必威体育精装版的 BLAST 比对结果页面中，“图形化概要(Graphic Summary)”、“具体描述(Descriptions)”以 及“序列比对(Alignments)”等部分页面都可以展开和收起。 此外，网页上还提供了“结果输出格式选项(Formatting)” 和“结果下载选项(download)”，在下载选项中还新增了 CSV格式下载。这样，读者可以轻松地将 BLAST 的比对结果输入到表格处理软件中去。另外，BLAST 比对结果页面上的“Alignments”部分还提供了每一条命中序列在 Entrez GENE中的相关信息，这些信息包括基因名称、来源物种以及在PubMed 数据库中与该基因有关条目的数目等。 “BLAST tree”结果输出模式可以测量不同序列间的距离，自动收起亚类信息等。现在，可以以 Newick 格式或Nexus 格式下载 BLAST tree 结果，也可以在进化树图中选择任一节点