HGVS基因变异命名规则.pdf

HGVS基因变异命名规则 随着基因检测技术的发展及其在临床的广泛应用，越来越多与疾 病相关的基因和变异被明确。为了让变异注释更程序化、对变异 文献的检索更全面化以及对变异的描述更标准化，建立统一而通 用的变异命名规则变得尤为重要。 HGVS 参考序列必须是是NCBI或EBI数据库中的ID，必须同时包含accession和version信息， 如NC_000023.10, NC_000023代表编号，10代表版本号。 DNA • g. = 线性基因组参考DNA序列 • o. = 环状基因组参考DNA序列 • m. = 线粒体参考序列 • c. = 编码DNA参考序列 • n. = 非编码DNA参考序列 RNA • r. = RNA参考序列 Protein • p. = 蛋白参考序列 特殊字符的含义 • “+” ：c.123+45AG （代表靠近内含子5’ 端的核苷酸发生变异） • “-” ：c.124-56CT （代表靠近内含子3’ 端核苷酸发生变异）；c.-142CG （代表5’ UTR 区） • “*” ：c.*32GA （代表3’ UTR区）；P.Trp41* （代表终止氨基酸） • “[]” ：代表等位基因，“;”用来分隔变异和等位基因，如g.[123456AG;345678GC] 代 表顺式，g.[123456AG];[345678GC]代表反式， g.123456AG(;)345678GC代表这 两个变异的顺式反式未知。 • “()” ：用来表示不确定的或预测的结果，如p.(Ser123Arg) 特殊字符的含义 • “?” ：用来表示核苷酸或氨基酸的位置未知，如g. (?_234567) _ (345678_?)del • “^” ：代表“或”的意思，如p.Ser124Arg反推核苷酸的改变为c.(370AC^372CG^372CA) ，即AGC 变成CGC, AGG或AGA • “/” ：表示嵌合体（mosaic），如NM_004006.1:c.145=/CT • “//” ：表示异源嵌合体（chimeric），如NM_004006.1:c.85=//TC • “|” ：代表不是序列的直接改变，而是一种修饰或一种状态的改变，如甲基化。 • “::” ：用于描述RNA融合转录本和断点连接形成的环状染色体 缩写字符的含义 • “fs”代表变异类型为移码变异，主要是针对蛋白水平而言，如p.Arg456GlyfsTer17或 p.Arg456Glyfs*17 • “ext”代表变异类型为延长，主要是针对起始密码子和终止密码子变异导致的蛋白水平的 改变，如p.Met1ext-5 • “gom” 表示获得甲基化，如g12345901|gom • “lom”表示去甲基化，如g12345901|lom • “met” 表示甲基化，如g12345901|met= 基因结构 编码区（CDS）：以起始密码子ATG的第一个碱基A开始，并记为c.1 ，以终止密码子（TAA, TAG, TGA）的最后一个碱基为终点 内含子区（Intron）： Ø 靠近内含子5’末端的变异位 ，需依据上游最近外显子的最后一个碱基来定位，如c.87+ ， 代表上游最近外显子的边界位置为87 ，变异位点在内含子5’ 端开始的第 个碱基； Ø 靠近内含子3’ 末端的变异位 ，要依据下游最近外显子的第一个碱基来定位，如c.88-11 ， 代表下游最近的外显子的边界位置为88 ，变异位点在内含子3’ 端开始的第11个碱基； Ø 内含子碱基个数为偶数时，中间碱基平分后按上下游外显子碱基来定位命名，如 …,c.87+676, c.87+677, c.87+678, c.88-678, c.88-677, c.88-676, … Ø 内含子碱基个数为奇数时，中间碱基相对于上游外显子最后一个碱基来定位命名，如 …,c.87+677, c.87+678, c.87+679, c.88-678, c.88-677, … Ø 最初内含子的书写方式有两种c.88+2TG和c.IVS2+2TG，目前的HGVS命名规则取消 c.IVS的使用，包括c.EX也不再使用。 基因结构 （3）非编码区（UT