遗传性血液病的基因检测课件.pptx

遗传性血液病的基因检测 Genetic Testing For Heritable Hematologic Disorders 1 . Informed consent for genetic testing in hematology Jonathan M. Marron (Dana-Farber Cancer Institute) . Next generation sequencing and variant interpretation for germline hematologic malignancies for the practicing providers David Wu (UniversityofWashington) . Identifying potential germline variants from sequencing hematopoietic malignancies Ira L. KraftLucy A. Godley(UniversityofChicago) ASH Education-Book 2020 • M/63 • 发热/乏力1m • WBC 50.2，Hb 78，PLT 34 • BM诊断为AML-M5 • PMH ：2009年胃癌(印戒细胞癌)，胃大部切除术后； 2020年 初发现PSA高，穿刺活检考虑为前列腺癌 Case Case ASXL1, BCOR, BCORL1, CALR, CBL, CEBPA, CSF3R, DNMT3A, ETV6, EZH2, FLT3, GATA2, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MLL, MPL, NF1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PHF6, PIGA, PPM1D, PTPN11, RAD21, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SH2B3, SMC1A, SMC3, SRSF2, STAG2, STAT3, TET2, TP53, U2AF1, WT1, ZRSR2 ‣进行基于AML-42个基因panel的NGS检测 Case ASXL1, BCOR, BCORL1, CALR, CBL, CEBPA, CSF3R, DNMT3A, ETV6, EZH2, FLT3, GATA2, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MLL, MPL, NF1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PHF6, PIGA, PPM1D, PTPN11, RAD21, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SH2B3, SMC1A, SMC3, SRSF2, STAG2, STAT3, TET2, TP53, U2AF1, WT1, ZRSR2 需要知情同意吗？ ‣进行基于AML-42个基因panel的NGS检测 知情同意是现代医学伦理的基石 决策能力：决定大小；疾病状态；药物 诱惑；变相胁迫 简单粗暴 夸张的措辞 误解 不是简单的“签字” 决定 授权 推荐 信息披露 理解 信息元素 阈值元素 同意元素 基因检测中的知情同意问题 没有准确评估患者的决策能力 过分夸大基因检测的意义 基因检测对其亲属信息披露的潜在影响 混淆临床应用 vs 科研的界限 如何看一份NGS报告 Case 患者的基本信息 Case NGS测序谱所包含的基因 Case 测序所包含的位点 Case 具体的测序结果 Case 等位基 因频率 变异临 床意义 外显子 位置 基因名 Case 参照的数据库以及临床意义分类 临床医师送检NGS前需要知道 NGS谱包含哪几个基因？ 检测的是基因的全外显子？还是热点突变区域？ 检测的何种变异：单核苷酸变异？小/大段缺失？结构改变？ 示例1：区分热点区域 vs 全外显子测序 • F/38y，确诊为AML • 一家医院报： RUNX1胚系突变 • 另一家医院报： RUNX1无突变 • 如何解释？ • M/17y • 全细胞细胞减少/反复感染 • 家族史：母MDS，兄弟AML • 染色体： 7单体 • 典型的GATA2基因缺陷综合征 • 但NGS未发现GATA2突变 示例2：NGS不能识别拷贝数目改变 示例3：NGS不能识别出同义突变 • M/7y；全细胞细胞减少/GATA2突变+ • 实验室NGS未发现GATA2突变， why？ Ø全外显子测序；拷贝数变异检测 示例4：NGS不能识别内含子突变 • M/14y；全细胞细胞减少/肺泡蛋白沉积/AML/7单体 • 无GATA突变， why？ • 估计仅能诊断25-30% • 外显子阴性，可能是： • 编码区变异 • 体细胞嵌合 • 变异未被正确检测到 •