生物信息学的应用.pptVIP

图6-18 Scop结构分类图 SCOP的网址是：/ 本文档共139页；当前第94页；编辑于星期二\3点6分 2. CATH CATH数据库层次： 类型层次：分为?主类、?主类、?-?类（?/?型和?+?型）、低二级结构类4类。 构架层次：依据由α螺旋和β折叠形成的超二级结构排列方式进行分类，而不考虑它们之间的连接关系。 拓扑层次：为二级结构的形状和二级结构间的联系。 同源性层次：通过序列比较和结构比较确定。 序列层次：根据序列同源性不同分为S、O、L、I、D五种。 CATH的网址：http:/// 本文档共139页；当前第95页；编辑于星期二\3点6分 3. PDBsum 通过对PDB数据库中所有蛋白质结构信息进行总结和分析，给出蛋白质的主链数目、配体、金属离子、二级结构、折叠图等相关信息。 提供检索蛋白质各级结构信息的统一界面。 PDBsum的网址：/ 本文档共139页；当前第96页；编辑于星期二\3点6分 （六）蛋白质分类数据库 ProtoMap蛋白质分类数据库是利用计算机对SWISS-PROT、TrEMBL 和TrEMBL-new数据库中全部蛋白质进行层次分类，将相关的蛋白质聚类分组而成。 ProtoMap数据库有助于对已知蛋白质家族进行精细划分，阐释家族间的相互关系。 ProtoMap网址：http:/// 本文档共139页；当前第97页；编辑于星期二\3点6分 第三节 蛋白质结构预测  蛋白质结构预测方法：主要有理论分析方法和统计方法两种。 蛋白质结构预测流程：如下图所示 蛋白质序列 实验数据 数据库有哪些信誉好的足球投注网站 结构域匹配 序列多重比对 折叠方式识别 折叠家族分析 二级结构比对 序列结构比对 比较建模 三维结构模型 PDB 同源结构 二级结构预测 从头计算 三级结构预测 可预测的折叠 折叠识别 同源建模 有 图6-19 蛋白质结构预测流程图 (参考：/xkqbzs/2006-2/06-2%20dbzjg.doc) 本文档共139页；当前第98页；编辑于星期二\3点6分 一、蛋白质序列比对 序列比对的功能：探寻分子进化关系及产生共同功能的序列模式；分析和预测一些新基因的功能 ；预测蛋白质的空间结构及生物学功能 ；获得有价值的参考信息 。 序列比对常用软件：Blast、ClustalW等，可从NCBI和EBI网站免费下载到本地比对，也可进行网上远程比对。 NCBI 网站Blast的基本类型：见下表： 程 序 数 据 库 查询序列 应 用 nucleotide blast (blastn) 核 酸 核苷酸 同源比对 protein blast (blastp) 蛋白质 蛋白质 同源比对 blastx 蛋白质 已翻译核苷酸 DNA序列、EST序列分析 tblastn 已翻译核苷酸 蛋白质 编码区分析 tblastx 已翻译核苷酸 已翻译核苷酸 EST序列分析 表6-6 BLAST 基本类型 本文档共139页；当前第99页；编辑于星期二\3点6分 3.TrEMBL 是一个经计算机注释的蛋白质数据库，采用SWISS-PROT数据库格式。 主要包含从EMBL/ Genbank/DDBJ三大核酸数据库中根据编码序列翻译的、尚未集成到SWISS-PROT数据库中的蛋白质序列。 TrEMBL为SWISS-PROT数据库及时提供补充。 TrEMBL网址：http:/// 本文档共139页；当前第62页；编辑于星期二\3点6分 4. UniProt UniProt将SWISS-PROT、PIR、TrEMBL三个数据库合并。通过文本检索、序列相似检索以及UniProt Ftp网站可获得蛋白质序列。如图6-7所示 图6-7 UniProt网站主页 本文档共139页；当前第63页；编辑于星期二\3点6分 UniProt包含UniProtKB、UniRef 和UniParc 3个部分： （1）UniProtKB数据库（UniProt Knowledgebase）：蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心； （2）UniRef数据库（UniProt Reference Clusters）：为提高检索的速度，将紧密相关的蛋白质序列合并到同一条记录中。目前，根据序列相似程度可将UniRef数据库分为UniRef100、UniRef90和UniRef50 3个子库 （3）UniParc（UniProt Archive）：储存大量蛋白质研究的历史信息。 本文档共139页；当前第64页；编辑于星期二