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一个中国南方野生大豆基因组深度测序及其分析的中期报告 本研究以中国南方野生大豆（Glycine soja）为研究对象，进行了基因组深度测序及其分析。目的在于揭示野生大豆基因组特征及其与栽培大豆基因组的差异，为大豆遗传改良提供理论基础。 1. 采样及数据分析 本研究共选取四个植物样本进行基因组深度测序，样本来自中国南方的野生大豆种群。采用Illumina HiSeq X Ten高通量测序仪进行测序，每个样本均产生了约50 Gb的原始数据，经过过滤、剔除低质量序列及污染序列，最终得到了约45 Gb的高质量序列。 2. 基因组组装及注释 针对野生大豆基因组组装，本研究采用了ALLPATHS-LG、SOAPdenovo和Platanus三种组装软件。以N50和L50为评估指标，比较三种软件表现，发现ALLPATHS-LG组装结果最佳，N50值为3.6 Mb，L50值为646。经过BUSCO评估，ALLPATHS-LG组装结果包含约90%的核心基因组件（CEGs）。 接着，本研究对野生大豆基因组进行了注释，包括基因预测、基因功能注释、基因家族分类等。利用RepeatModeler对重复序列进行预测和分类，发现野生大豆基因组中的转座子元件占比较高，约占基因组的44%。 3. 基因组比较分析 本研究比较了野生大豆基因组和栽培大豆（Glycine max）基因组的差异。结果显示，野生大豆基因组相对于栽培大豆基因组存在一定的差异，包括基因家族复制、基因组大小、基因密度等。采用MCScanX进行基因家族比较，发现野生大豆基因组中基因家族数量较栽培大豆多。 4. 结论 通过野生大豆基因组深度测序及其分析，本研究揭示了野生大豆基因组的特征和与栽培大豆基因组的差异。研究结果为进一步理解大豆的遗传基础提供了参考，并为大豆遗传改良提供了基础数据和理论支持。