分子标记优化.ppt

PCR会用于基因身份证的制作吗？*园艺植物生物技术*到2030年，预计只要1000美金就能得到个人的基因组序列。人与人之间平均1000个碱基对就有一个碱基呈多态性(SNP)。因此共有300万碱基上可能存在差异,而真正有价值的SNP也许只有1－2万个。防治基因信息的滥用和基因歧视，将是今后社会的重任。*园艺植物生物技术*现有数十种分子标记技术，万变不离其宗：分子杂交、PCR扩增、序列分析。第一类：分子杂交为核心代表：RFLP、DNA指纹第二类：PCR为核心代表：RAPD、SSR、AFLP第三类：DNA序列为核心代表：ITS测序分析IntroductionofMolecularmarkers*园艺植物生物技术*TypesofDNAMarkersRFLP-restrictionfragmentlengthpolymorphism(pm)（限制性片段长度多态性）VNTR-variablenumbertandemrepeat（变化数目的串联重复）RAPD-randomamplificationofpolymorphicDNA（随机扩增的多态性DNA）AFLP-amplifiedfragmentlengthpm（扩增片段长度多态性）SSR-simplesequencerepeat（简单序列重复）*园艺植物生物技术*AdvantagesofDNAMarkers数量丰富、信息量大；与生长发育无关，取材不受限制；较多共显性，信息量完整在真核生物中，基因组DNA多态性要远远多于各种基因的遗传多态性，因为基因组中存在着大量的不编码的DNA序列，它们的变异不受或较少地受自然选择的制约*园艺植物生物技术*ApplicationsofDNAMarkers种质资源研究品种纯度鉴定（包括DNA指纹鉴定）构建遗传连锁图基因定位（QTL）标记辅助选择比较基因组研究基因克隆（图位克隆）生物起源、进化、医学及法医学*园艺植物生物技术*全称：RestrictionFragmentLengthPolymorphism(byBotstein,1980)基本原理：物种的基因组DNA在限制性内切酶作用下，产生相当多的大小不等的片段，用放射性同位素标记的DNA作探针，把与被标记DNA相关的片段检测出来，从而构建出多态性图谱RFLP（限制性片段长度多态性）*园艺植物生物技术*优点：共显性，非常稳定，是目前公认的最可靠的标记方法缺点：DNA纯度要求高、用量大；检测步骤多、周期长；费时、费钱；用作探针的DNA克隆制备、保存不方便；同位素有放射性自从人的RFLP图谱构建后，在番茄中构建了第一张植物的图谱，现在仍然广泛应用RFLP*园艺植物生物技术*PrincipleforRFLPsSameprincipleforDNA/DNA,DNA/RNA,orRNA/RNA*园艺植物生物技术*如何选择最合适的DNA聚合酶－－DNA聚合酶的特性纯度稳定性酶活性*园艺植物生物技术*如何选择最合适的DNA聚合酶－－PCR实验的不同需求长片段扩增PCR试剂盒扩增效率保真性特异性基因组扩增、RT-PCR基因筛选、测序、基因克隆复杂模板扩增（GC含量高、二级结构）构建基因图谱、测序、分子遗传学复杂模板扩增、大规模基因检测*园艺植物生物技术*特异性－热启动Taq酶原理蜡封抗体抑制化学修饰特点避免非特异性扩增提高PCR反应的特异性用途基因组扩增RT-PCR*园艺植物生物技术*－热启动Taq酶特异性产品类型产品名称产品性能化学修饰天为时代:HotStartTaqRoche:FastStartTaqAbgene:Thermo-start?DNAPolymeraseStratagene:SureStart?Taq大大提高PCR反应的特异性化学修饰不影响后续实验抗体抑制Invitrogen：AccuPrimeTMTaqPlatinum?TaqTaKaRa：