“转录组测序”资料汇编 .pdf

“转荥组测序”资料汇编

目录

-、筋芦高通鼠转录组测序与数据分析

二、基「•转录组测序向口婆低温胁迫差异麦达基因分析及WRKY

基因箱选

三、利用转亲组测序和蛋白质组学分析筛选绵羊多羔候选基因的

研究

四、基于转录组测序的石磺科贝类SSR和SNP两种分了标的开

发

葫芦高通■:转录组测序与«rfg分析

葫芦是一种重要的园艺作物，具有丰富的营养价值和药用价值.随着

分子生物学和生物技术的不断发展，对胡芦转录组的研充变得越来越

重要.高通虽测序技术可以快速、准确地伏取大虽基因表达数据.为

葫芦转录组研究提供r有力工具。本文将介绍新芦高通最转来组测序

技术和数据分析方法。

选取葫芦不同组织（根茎、叶花、果实）样品，用液瓠速冻.保

存于-80C冰箱。

采用Illumina平台进行商通量转录徂测质，获取翔芦不同策用表达

数据。使用IlluminaIliSeq2500测序仪进行测序，读长为150bp°

将原始数据进行质鼠控制和牧据清洗，得到有效数据.利用生物信息

学方法进行基因识别、注择、表达分析和差异表达基因御选，使用

RSEM软什进行基因表这虽计算，DESeq2软件进行是弁表达分析。

通过对原始数据进行质量控制和数据清洗，得到了高质量的有效数据。

数据质量满足后续分析要求。

利用生物信息学方法对故据进行基因识别和注释，得到了充整的基因

模型和注籽伯息.共境定出个基因，其中包括编码基因、lncRA、miRA

等。

利用RSEM软件对数据进行基因表达敏计算，得到了每个基因在不同

组织中的表达情况.结果表明，不同组织中基因发送差异明显.同一

组织中不同基囚表达差异也较大。

利用DESeq2软件进行差异表达分析，筛选出在不同徂织中差异表达

的基因。这些基因何能参与了葫芦不同组织的功能分化和发展过程。

选取部分左异表达基因进行聚类分析，结果显示这些基因在组织中表

达模式具有明显差异.对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析，发

现了与葫芦牛.氏发育和抗病抗逆等生物学过程相关的关键基因和通

路。

本妍究利用高通量测邙技术对胡芦转荥组进行了深入研究，徂到了大

坦基因表达数据。通过对数据的分析，发现了许名参与翻产不同组织

功能分化和发自的美锤基I人I。这些结果为进-步研究阳产生长发育和

抗痢抗逆等生物学过程提供了虫要参考.本研究也为其他植物转•录组

研充提供了有益的借鉴和参芍。

基于转录组测序向日葵低温胁迫差异表达基因分析及

WRKY基因筛选

随若全球气候变化的影响H益显著，植物任低温坏境中的适应能力逐

渐受到人们的.向日莫作为•种重要的油料作物.H：产虽和品质受到

低温胁迫的严重影响。为了探充向「1葵在低温胁迫下的适应机制，我

们利用转荥组测邙技术对向II葵进行了深入研究。

转录组测序技术是一种高效、快速、敏感的基因表达分析方法，可以

全而揭示生物任特定生理状态卜的基因表达情况。在本研究中，我们

通过对向日葵住低温胁迫卜,的转录组测序，获得了大量的基因表达数

据。通过对这些数据的分析.我们找出了在低温胁迫下差异表达的基

因，并对其进行了功能分类和富集分析。

通过差异表达基因的分析，我们发现了一些与向日葵低温胁迫适应密

切相关的基因。这些基因主要涉及代谢过程、信号转导、细胞结构和

功能等方面。其中，WRKY基因作为-种重要的转录因子，任向日葵

的低温胁迫适应中发挥了币:耍作用。WKKY因可以调节植物的抗逆

性，增强植物对低温等逆境的适应能力。

为『进一步臆iiEHKKY基因在向曰葵低温胁迫适应中的作用，我们进

行了WKY基因的克隆和功能验证。通过转录组测序数据分析.我们

发现WRKY基因在向11类低温胁迫卜有显著的表讪变化。为『验证这

•结果，我们设计了针对WRKYM因的qRT-PCR实验,并成功地克隆

了该基因的全长cDNA。通过功能骤证实验，我们发现过表达WRKY基

W町以显著提高向日葵对低温胁迫的适应能力。

本研究瑚过对向口葵在低温胁迫卜的转录组测序，揭示了向口葵在低

温环境中的诂应机制。通过WRKV基因的克隆和功能骚证，证实了WRKY

基因在向口英低温胁迫适应中的垂耍作用.这些研充成果不仅为向日