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细菌基因组内分类特异性寡核苷酸重复序列的研究的任务书

任务书：

一、研究背景

随着生物技术的不断发展，细菌基因组测序技术也日趋成熟，逐渐解决了细菌基因组的高通量测序问题。在大量的基因组测序数据中，人们发现了很多可以重复出现的短序列，这些短序列也被称为简单序列重复（simplesequencerepeats,SSRs）、微卫星（microsatellites）、寡聚核苷酸重复序列（shorttandemrepeats,STRs）等。这些重复序列在不同物种之间存在差异，是基因组内分类特异性的标记。因此，对于分子进化学、物种鉴定、群体遗传学、人类学和生物多样性保护等方面具有重要的意义。

二、研究目的

通过对细菌基因组中的寡核苷酸重复序列（STRs）进行研究，分析其分类、分布、数量和性质等，进一步探讨其在细菌基因组内的分类特异性及其对生物进化和分化的贡献。

三、研究内容

1.对已有的基因组测序数据进行分析，筛选出具有代表性的细菌基因组数据，构建数据库。

2.采用计算机程序对细菌基因组序列中的STRs进行鉴定和统计，获得STRs的分布规律、数量和性质等基本信息。

3.通过比对分析和系统发育树构建等方法，探究不同细菌在STRs分布、数量和性质等方面的差异，并考察其对物种分化和进化的影响。

四、研究方法

1.数据库构建：收集有代表性的细菌基因组序列，对原始数据进行预处理，选择合适的软件和算法进行序列组装和基因预测。

2.STRs的鉴定和统计：采用计算机程序进行自动鉴定和统计，比对不同软件和算法的优缺点，筛选出适用于不同细菌基因组的鉴定方法。

3.数据分析：通过对STRs进行比对分析和系统发育树构建等方法，探究不同细菌在STRs分布、数量和性质等方面的差异，考察其对物种分化和进化的影响。

五、研究意义

本研究通过对细菌基因组中的重复序列进行研究，可以深入了解细菌基因组内重复序列的分类特异性，进一步揭示生物进化和分化的规律和机制，对物种鉴定、群体遗传学、人类学和生物多样性保护等方面具有重要的理论和应用价值。