生物信息学数据库大全 .pdf

综合数据库

★INSD,国际核酸序列数据库（InternationalNucleotideSequenceDatabank）。由日本的DDBJ、

欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。

★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA序列库。

★GenBank，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释

的DNA序列的总数据库。

★DNADatabankofJapan(DDBJ)，日本核酸数据库。

★GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome

SequenceDataBase）。

★TIGRDATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。

.org/tdb/hcd/overview.html

DNA序列数据库

包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。

★BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。

★CUTG,MM子使用频度表。

★EPD,真核生物启动子数据库（EukaryoticPromotorDatabase）。

★TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。

★TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。

★OOTFD,转录因子和基因表达数据库。

★RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。

★MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。

★ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。

)

★SimpleRepeats,简单重复序列库。

★COMPEL,复合元件数据库。

ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)

★MPDB,分子探针数据库。

★HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。

★PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库。

★PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物。

ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)

★Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列。

★HOXPro同源异型盒(homeobox)基因数据库。

★OPD,寡核苷酸探针数据库(OligonucleotideProbeDatabase)。

★dbSTS,序列标记位点(SequenceTaggedSites)数据库。

(/repository/dbSTS)

★dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息.

(/repository/dbEST)

★AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和

tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.

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0/BioWWW/#AMMTDB[/url]

★HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologousVERtebrateGENes)。

biogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)

★DNA结构参数库.

ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)

★NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合

的位点.

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/

★SELEX_DB,随机化序列库.

★ASDB,交替剪接基因的数据库.

★Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。

★IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。

★EID,外显子、内含子数据库。

★ExInt,外显子、内含子数据库。

★NDB,核酸晶体结构数据库。

/

★VectorDB,载体数据库。

★Vector和Vector-ig,包