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PCR扩片段
实验原理
在热稳定DNA聚合酶的作用下,借助一小段引物,体外大量扩增DNA序列。DNA聚合酶具有识别和连接的作用,识别特定位置,并进行连接。引物分为正向引物和反向引物,正向引物(F)、反向引物(R),分别决定了复制的起始和终止。复制的模板是一小段cDNA或是质粒,dNTP是引物扩增的原料,buffer提供了反应环境,其中的Mg2+能够激活DNA聚合酶。一般来说,目的片段越大,需要延伸的时间越长,但循环数相同。
实验步骤
1、准备一个冰盒,先找到以下试剂:
PCRsystem
Volume(μl)
PrimerF
0.5
PrimerR
0.5
Template(100x)
2
dNTPmix
2
Buffer
5
GXL
0.5
ddH2O
14.5
Total
25
加入以上7种试剂,酶要在冰上操作(常温下酶易变性失活)。
PCRprocedure:
94℃2min
98℃10s(使DNA双链充分打开,30s也可以,但不是最佳效率)
56℃15s(引物结合上去的温度)
68℃1kb/min(除去预变性,共34个循环)
68℃5min(尽可能延伸完全)
Ps:PCR扩增的知识点
PCR体系,包含引物、模板、dNTP、buffer、酶和双蒸水。
PCR程序:分为预变性、高温变性、低温退火、适温延伸、再延伸5步。
PCR参数:退火温度不固定,由GC含量而定。如果引物序列和模板DNA序列100%匹配,可以参照随公司引物寄来的表格中提供的Tm值;如果引物5’端加了和模板DNA不匹配序列,如酶切位点或用于同源重组的序列,就不能参照引物合成单上的Tm值,可以用(Tm=2xA或T+4xG或C-5)公式计算。GXL酶的延伸时间是1kb/min。
等待PCR结束后,取3μl扩好的片段,加1μl5xDNAloadingbuffer。
做1%的大孔胶,等胶凝固后,点样,记得同时点DNAmarker(3μl)。120V跑胶10-15min。跑胶的目的是检测DNA片段是否扩出来,以及片段大小是否符合。
胶回收,回收较亮的条带。
三、实验注意事项
退火温度是Tm-5℃,由GC含量来定,GC含量越多,退火温度越高;
不同酶的延伸时间不一样,如GXL高保真酶为1kb/min,Taq酶为2kb/min;
PCR的成败与否,取决于所加入的体系和设置的PCR程序;
模板可以是基因组DNA、cDNA或质粒,如果是质粒,一定要稀释100x。
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