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鱼类环境DNA研究中通用引物的筛选验证

刘军;赵良杰;凡迎春;张新磊;刘其根

【摘要】为了筛选一个通用性和适用性良好的能够运用于环境DNA（eDNA）研究的鱼类引物，从相关文献中选取了鱼类线粒体基因组部分片段的5对引物，分别对线粒体D-loop区、16SrRNA基因、COI基因以及Cytb基因部分片段进行扩增。对千岛湖48种鱼类基因组DNA进行扩增后比较发现，引物16s和COI均可以取得良好的扩增效果，通用性优于其他几对引物。引物16s的扩增产物经凝胶电泳检测均出现明亮的目的条带，引物COI则有3种鱼的条带经凝胶电泳检测亮度较暗。利用上述引物对环境样品eDNA扩增时发现，只有16s和COI的引物具有良好的扩增效果，能够得到明显单一的亮带。对该两种引物的PCR产物克隆后测序比对发现，16s的PCR产物均为千岛湖常见鱼类物种的基因片段，COI的PCR产物则为细菌COI基因的部分片段。综上，我们认为引物16s在通用性和适用性上都更为适合作为鱼类群落结构eDNA研究的通用引物。%InordertoscreentheprimerofwelluniversalityandapplicabilityforeDNAresearch,fivepairsofuniversalprimeroffishmitochondrialgenomefragmentwerechosenfromthepreviousreferencestoamplifythepartialsequencesofD-loopregion,16SrRNAgene,COIgeneandCytbgene.Theseprimerswereusedtoamplifygenomeof48speciesoffishinQiandaoLaketotesttheuniversality,itwasfoundthatthe16sandCOIwerebetterthantheotherprimers.Gele-lectrophoresisshowedthatall16sDNAbandsofthe48speciesoffishwaslight,but3COIgenebandsofthefishspecieswasdark.TheeDNAfromQiandaoLakewereamplifiedbythesefivepairsofprimer,andtheelectrophoretogramshowedthatthePCRproductof16s

DNAandCOIgenepresentedaclearbrightband.Accordingtothecloned

sequencingandBLASTresults,thePCRproductof16sDNAwascoincidenttothefragmentsoffishesfromQiandaoLake,butthePCRproductofCOIgenewasinaccordwiththeCOIgeneofbacteria.Insummary,theprimerof16SrRNAwasthemostsuit-ableuniversalprimertostudyoneDNAoffishcommunitystructureintheQiandaoLake.

【期刊名称】《淡水渔业》

【年(卷),期】2016(046)001

【总页数】9页(P9-17)

【关键词】引物筛选;线粒体标记;环境DNA;千岛湖

【作者】刘军;赵良杰;凡迎春;张新磊;刘其根

【作者单位】上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室，上海201306;上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室，上海201306;上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室，上海201306;上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室，上海201306;上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室，上海201306

【正文语种】中文

【中图分类】S917.4

环境DNA(eDNA)是指从有机体脱落释放进入到自然环境中(如空气、水、土壤等)的DNA，包括细胞中的DNA和细胞破碎后游离出细