基因结构及基因组学植物基因工程.ppt

*DNA酶保护实验**增强子与启动子的区别？距离、方向、上下游、没有也可转录增强子的作用机理？******线粒体基因母系遗传，雄性不育，杂交水稻***************1.原核,简单的基因结构2.真核3.微生物，原核生物基因组*启动子区中CpG岛的未甲基化状态是基因转录所必需的，而CpG序列中的C的甲基化可导致基因转录被抑制。以往的研究证明启动子区的高甲基化导致抑癌基因失活是人类肿瘤所具有的共同特征之一，而且这种高甲基化是导致抑癌基因失活的又一个机制。*************http://splicenest.molgen.mpg.de:人，果蝇，拟南芥*转录前：甲基化转录：启动子、增强子、蛋白DNA互作、激素诱导、选择性启动子（四）翻译水平的调控在真核生物中，基因表达的调控主要发生在转录水平上，但是，翻译水平的调控也是十分重要的。阻遏蛋白与mRNA结合，可以阻止蛋白质的翻译。铁蛋白的功能是在细胞内贮存铁。铁蛋白mRNA的翻译取决于铁的供应。铁供应充足，则铁蛋白合成就多。当细胞中没有铁时，阻遏蛋白与铁蛋白mRNA结合，阻止翻译的进行。当细胞中有铁存在时，阻遏蛋白就不与铁蛋白mRNA结合，使翻译得以进行。翻译后：折叠、切割、化学修饰**长片段双链RNA的来源RISC由内切酶、外切酶、解旋酶等酶组成*http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/提交序列选择物种内含子/外显子剪接位点识别：NetGene2第61页,共85页，2024年2月25日，星期天NetGene2输出结果供体位点受体位点可信度相位第62页,共85页，2024年2月25日，星期天mRNA剪接位点识别：SpideyNCBI开发的在线匹配程序用于mRNA序列同基因组序列比对分析/spidey第63页,共85页，2024年2月25日，星期天Spidey同源序列的获得:序列比对通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。BLAST比对到的三条mRNA序列第64页,共85页，2024年2月25日，星期天输入基因组序列或序列数据库号输入相似性序列判断用于分析的序列间的差异，并调整比对参数不受默认内含子长度限制。默认长度：内部内含子为35kb,末端内含子为100kb比对阈值选择物种输出格式选择第65页,共85页，2024年2月25日，星期天*Spidey输出结果第一条蓝色序列为基因组序列，橘黄色为外显子外显子对应于基因组上的起始/结束位置外显子对应于mRNA/cDNA上的起始/结束位置供体、受体位点外显子长度一致性百分比错配和gap外显子序号序列联配结果第66页,共85页，2024年2月25日，星期天可能的选择性剪切体GENSCAN与Spidey结果比较第67页,共85页，2024年2月25日，星期天可变剪接（Alternativesplicing）分析可变剪接是调控基因表达的重要机制了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制第68页,共85页，2024年2月25日，星期天可变剪接的类型第69页,共85页，2024年2月25日，星期天*查询可变剪接相关的网站http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html综合http://splicenest.molgen.mpg.de/综合/new_alt_exon_db2/综合.tw/.au/altExtron人/~kent/intronerator/altsplice.html线虫/tdb/e2k1/ath1/altsplicing/splicing_variations.shtml拟南芥从已知基因的功能推测剪接机制第70页,共85页，2024年2月25日，星期天选择性剪接查询：ASTD数据库 http://www.ebi.ac.uk/astd/main.html输入基因名称选择物种类型第71页,共85页，2024年2月25日，星期天ASTD数据库检索结果：基因描述信息导出序列文件第72页,共85页，2024年2月25日，星期天*ASTD数据库检索结果：可变剪接的mRNA十一种选择性剪切产物第73页,共85页，2024年2月25日，星期天*ASTD数据库检索结果：表达的组织特异性在不同组织中各种选择性剪接体的表达差异十一种不同的选择性剪接产物第74页,共85页，2024年2月25日，星