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三侏不同禽源新城疫病毒的全基因组序列测定与分析的开题报告

一、背景

新城疫病毒属于正黏病毒科，是一种具有单股正链RNA的病原体，其主要通过家禽间的直接接触或经由空气传播而传播。新城疫病毒分为不同亚型，包括欧亚型、东南亚型和南美型三大主要类型。在中国，疫情一般是春季和秋季发生，如果没有及时、有效的控制措施，会对家禽产业带来严重的影响，甚至造成灾难性的损失。

目前国际上已经有了一些关于新城疫病毒的基因组测序和分析的研究，但是对于三侏不同禽源新城疫病毒的全基因组序列的研究还比较少，这给病毒防控带来一定的困难。因此，对三侏不同禽源新城疫病毒的全基因组序列进行测序和分析，不仅有助于更加深入的了解这种病毒的特点和传播途径，而且还能够为病毒防控提供更加有效的参考和指导。

二、研究目的

本研究的主要目的是针对三侏不同禽源新城疫病毒的全基因组序列进行测定和分析，探究其特征和传播方式，为病毒防控提供有效的参考和指导。

具体研究目标如下：

1.测定三侏不同禽源新城疫病毒的全基因组序列；

2.对测定的全基因组序列进行生物信息学分析，包括序列比对、基因预测、功能注释等；

3.通过比较三侏不同禽源新城疫病毒的全基因组序列，探究其特征和基因变异程度；

4.对三侏不同禽源新城疫病毒的全基因组序列进行系统进化分析，探究其传播途径和演化规律。

三、研究方法

1.样品采集

本研究将采集不同禽源（鸡、鸭、鹅）新城疫病毒样品各3个，共计9个样品。采集样品的方法包括鼻拭子、咽拭子和粪便等，样品将尽快送往实验室检测。

2.病毒RNA提取和测序

采用RNA提取试剂盒从样品中提取病毒RNA，然后采用IlluminaHiSeq测序平台进行全基因组测序。

3.生物信息学分析

将测序得到的数据进行序列质量控制和过滤，然后进行序列拼接、基因预测、ORF注释、序列比对、系统进化分析等生物信息学分析。

四、预期结果

通过本次研究，预期能够获得三侏不同禽源新城疫病毒的全基因组序列，探究其特征和基因变异程度，并通过系统进化分析探究其传播途径和演化规律。这些结果将有助于更加深入的了解这种病毒的特点和传播途径，为病毒防控提供更加有效的参考和指导。