一个基于转录组测序和无参考序列的多倍体作物SNP检测方法的开题报告.docxVIP

一个基于转录组测序和无参考序列的多倍体作物SNP检测方法的开题报告

一、研究背景

多倍体作物基因组复杂，基因组大小大多数都大于2Gb，而且具有多个副本，因此传统的基因组测序和SNP检测方法并不适用。随着高通量测序技术的发展，转录组测序成为了多倍体作物基因组研究的重要手段。转录组数据除了可以获得基因的表达信息外，基于转录组的SNP检测方法也逐渐成为了多倍体作物基因组研究的关键技术。

传统的SNP检测方法需要基于参考基因组进行比对，但多倍体作物的参考基因组缺乏或者低质量，这限制了传统SNP检测方法在多倍体作物中的应用。因此，无参考序列的SNP检测方法成为了研究重点。此类方法通过对转录组数据进行reads拼接，然后使用多序列比对技术进行序列比对，进而进行SNP检测。

二、研究内容及方法

本研究旨在研究一个基于转录组测序和无参考序列的多倍体作物SNP检测方法。具体来说，本研究将基于以下步骤进行：

1.转录组测序数据处理：我们将使用Trimmomatic软件对原始测序数据进行质量控制和去除低质量序列。然后，将使用Trinity软件进行转录组reads拼接，同时生成无冗余转录本序列。

2.无参考序列的多序列比对：使用Bowtie2和SAMtools等软件工具进行无参考序列的多序列比对和bam文件的处理。

3.SNPs检测：使用GATK软件进行SNPs检测，并进行annoation注释和统计分析。

4.SNPs结果筛选：根据一系列筛选标准，对检测出的SNPs进行筛选和过滤，以得到最终精准的SNPs位点。

三、预期研究结果及意义

本研究将为多倍体作物SNP检测方法提供一个全新的无参考序列技术手段，并对多倍体作物SNP检测的标准化和规范化起到积极的推动作用。同时，本研究将富有可视化和易于解释的数据分析结果，为多倍体作物研究和应用提供有力支撑和依据。